dubbio sul corretto disegno dei primer per la pcr

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aivlis89s
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Inserito il - 22 settembre 2012 : 20:21:44

Ciao! Scusate se riposto una discussione su temi gi� affrontati ma ho gi� visionato le varie discussioni e non sono comunque riuscita a chiarirmi le idee. Dunque per la PCR ho classicamente due primer che mi delimitano la regione che desidero amplificare e sono detti primer forward e primer reverse.

Il primer forward pu� essere anche detto primer sense perch� la sua sequenze � uguale a quella del filamente senso (orientato in direzione 5'---->3') e complementare a quella del filamento antisenso, al quale tale primer si appaia.

Invece il primer reverse � anche detto antisense perch� la sua sequenza � uguale a quella del filamento antisenso (orientato in direzione 3'-------> 5') e complementare a quella del filamento senso al quale questo primer si appaia.

Anche perch� logicamente per forza di cose le sequenze dei primer devono essere per forza complementari a quelle alla quale si appaiono. Dico bene!?!?

Faccio un esempio:

5'AAAAAAAACCGCGTAGCTCGCGTGCCACACCCAGAGTATGCGCGCGCGCGAGTATTAGTCCCCCAAGCG-3'

3'TTTTTTTTGGCGCATCGAGCGCACGGTGTGGGTCTCATACGCGCGCGCGCTCATAATCAGGGGGTTCGC-5'

Questa � per dire una breve sequenze che devo amplificare (naturalmente l'esempio � assurdo per� � per vedere se ho capito bene XD!).

Il primer forward � : 5'- AAAAAAAACCGCGTAGCTCG- 3' e si appia all'antisenso.

Il primer reverse �: 3'- CTCATAATCAGGGGGTTCGC-5' lo reverto e lo riscrivo 5' - CGCTTGGGGGACTAATACTC-3' e naturalmente questo si appaia al filamento senso.

Ditemi se sbaglio, perch� inzialmente avevo le idee chiare poi cercando del materiale sul web mi sono sorti mille dubbi. Grazie mille in anticipo

Ps: poi naturalmente tengo a mente di seguire tutte le regole generali per disegnare dei buoni primer, quindi la t melting, evitare i dimeri, complementariet� esclusiva al templato, etc...

roberta.s
Utente Junior

Citt�: Parigi

564 Messaggi

Inserito il - 23 settembre 2012 : 11:05:08

30 e lode