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 Pcr con smear nei bianchi!
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greBIO
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Inserito il - 06 novembre 2012 : 13:07:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greBIO Invia a greBIO un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In laboratorio stiamo facendo analisi per determinare la comunitÓ microbica eucariotica in sedimenti di determinate aree di studio, tramite T-RFLP (usando quindi primers forward marcati con fluorocromi FAM o NED).

Procedendo con la PCR all'amplificazione del gene per il 18S

(con primers:
18S F6 Euk (marcato con FAM e con NED),
18S R1513 Hypo,
condizioni di PCR:
50x40, 2 minuti e mezzo di allungamento)

abbiamo come risultato degli smear che partono da cima e arrivono fino in fondo nei...BIANCHI!

Ovviamente abbiamo provato a cambiare:
acqua, dNTP, exTaq, exTaqBuffer, puntali e plasticheria varia, ri-aliquotato i primers...insomma le abbiamo provate un po' tutte!

Se magari a qualcuno fosse successa la stessa cosa, oppure ha consigli da darci, qualsiasi suggerimento Ŕ benvenuto!!!

SIAMO DISPERATE!

greBIO
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 06 novembre 2012 : 13:12:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di greBIO Invia a greBIO un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ah, mi son dimenticata di dire che per quanto riguarda i campioni non sempre la banda viene e viene bene, spesso gli smear vengono anche lý... ma Ŕ capitato anche che negli amplificati dei campioni le bande vengano NORMALMENTE ma resta cmq lo smear nel bianco!
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