Real time pcr relativa

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Autore

Discussione

mayabiotech
Nuovo Arrivato

Citt�: milano

3 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2008 : 18:54:19

Ciao a tutti!!! ho appena effettuato l'iscrizione al forum per porvi un quesito a cui non so dare risposta:

TEMA: REAL-TIME PCR relativa

Finch� si parla di threshold cycle (Ct)ci sono, ma quando ci si perde tra delta Ct e doppio delta Ct mi perdo. Ho capito che si usa come riferimento un gene espresso in modo invariante (baseline housekepping) ma le espressioni matematiche che definiscono le variazioni dei cicli soglia assolutamente no! In pi� come tutto questo possa essere ricondotto al fold change derivante da indagini mycroarray mi � tuttora ignoto (in termini comparativi)!!!

Grazie mille a tutti.

maya

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2008 : 19:48:41

Ciao maya!
Benvenuta sul forum!

Per quanto riguarda le tue domande hai provato a cercare un po' nel forum?
Ci sono tantissime discussioni sull'argomento!
Nel menu a sinistra trovi la funzione cerca, se guardi troverai varie discussioni, ad es. queste:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=7440
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=1423
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=7150

la seconda spiega proprio che cos'� e come si calcola il deltadeltaCt.
Facci sapere se hai altri dubbi!

mayabiotech
Nuovo Arrivato

Citt�: milano

3 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2008 : 20:37:49

Grazie mille GFPina, ora quelle formule hanno assunto un significato!
Vorrei porti un'altra domanda (letta in una discussione sul blog ma a cui non � tuttora pervenuta una risposta):

Ma nel caso di una real time pcr assoluta lo standard che utilizzo per ottenere la retta std pu� essere un gene diverso da quello di cui si vuole quantificare l'espressione?

ciao-ciao e grazie!

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 01 luglio 2008 : 18:52:40

Citazione:
Messaggio inserito da mayabiotech

Ma nel caso di una real time pcr assoluta lo standard che utilizzo per ottenere la retta std pu� essere un gene diverso da quello di cui si vuole quantificare l'espressione?

Non avrebbe senso!!!
Tra l'altro l'efficienza di ogni PCR � diversa, anche per comparare il tue gene target con geni housekeeping le efficienze delle PCR dovrebbero essere simili, figurati poi utilizzare uno standard di un gene per quantificarne in modo "assoluto" un altro!