Applicazioni classiche di biologia molecolare
Come iniziano e come terminano i messaggeri. conosciuta la sequenza di questi due pezzetti posso fare una PCR con oligo specifici su DNA genomico, allo scopo di conoscere tutto il gene. Oppure prima copio tutti imessaggeri con l'RT e poi faccio una seconda PCR usando oligo quelli che stanno all'inizio e alla fine (ci torneremo in modo specifico con le banche a cDNA).

Applicazioni in Campo Clinico

Diagnosi di traslocazioni cromosomiche associate ad insorgenza di forme tumorali.
La PCR è comoda perché, grazie al suo alto potere amplificatorio, ci permette di individuare il male anche nella fase precoce della neoplasia. pensiamo ad un tumore in fase liquida (sangue).
Normalmente nel genoma abbiamo assetti cromosomici ben definiti, ma si vede che alcune porzioni hanno alta tendenza a rompersi e a riarrangiarsi, causando espressione non regolata di alcuni geni, da cui il tumore. Dal punto di vista tecnico, individueremo traslazioni di un pezzo di cromosoma su un altro e disegneremo l'oligo vicino ai punti di rottura più probabili. Il secondo oligo su un altro cromosoma spesso soggetta alla traslocazione. Se la cellula è sana i 2 oligo si appaiano in zone diverse, e non succede assolutamente niente (qualche single strand con progressione lineare, che sul gel non si vede). Se amplifica esponenzialmente, gli oligo sono vicini, e allora è presente una traslocazione. Ovviamente sono stati sviluppati kit con oligo appropriati. Tutti sono basati sullo screening in positivo. Attenzione ai falsi positivi!

Uso della PCR nello screening di colonie trasformanti.
È sempre uno screening in positivo: PCR per ogni colonia con oligo appropriati che beccano solo la trasformazione ottimale. Ovviamente devo numerare le colonie e le provette allo stesso modo. Con screening molto estesi nell'ordine di centinaia di campioni, il metodo è molto veloce: molto di più che non la singola estrazione di DNA per ogni clone.