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Calcolo distribuito per la biologia

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Chiunque può partecipare al progetto con il World Community Grid

L'Università di Washington e lo Howard Hughes Medical Institute hanno lanciato un progetto per far progredire più rapidamente la ricerca medica e biologica grazie a Internet. Il progetto si basa sul concetto di calcolo distribuito, quello che sfrutta centinaia o migliaia di computer separati e collegati in rete per affrontare problemi difficili, che in linea di massima richiederebbero la disponibilità di moltissimi giorni o settimane di lavoro su supercomputer. Le stesse prestazioni si possono però ottenere scomponendo il problema in migliaia di piccole parti, la cui risoluzione viene affidata a tanti, normalissimi personal distribuiti in rete che vi dedicano il tempo macchina di cui dispongono quando non sono impegnati nelle usuali attività svolte dal proprietario. Finora la tecnica era stata utilizzata da alcuni centri di ricerca per lo studio di problemi di fisica delle particelle, per ricerche climatologiche e per l’analisi dei segnali provenienti dallo spazio alla ricerca di eventuali messaggi emessi da intelligenze extraterrestri. Oggi a questa nuova possibilità approda anche la ricerca biologica con il progetto Rosetta@home, il cui scopo è lo studio della struttura tridimensionale delle proteine. Di una proteina non basta infatti sapere la composizone per prevederne comportamento e funzioni, ma è importante comprendere come sia ripiegata su se stessa, dato che la sua azione dipende in maniera essenziale dalla conformazione fisica finale. Da questa analisi, soprattuto, i ricercatori sperano di individuare i “punti deboli” biomolecolari sia di molti agenti patogeni sia delle cellule tumorali. Riuscire a definire struttura tridimensionale e comportamenti delle proteine a partire dai dati biochimici, spettrografici e cristallografici disponibili è però spesso una sfida computazionale complicatissima. Per questo i ricercatori dell’Università di Washington e dello Howard Hughes Medical Institute hanno pensato di rivolgersi a tutte le persone disponibili, lanciado il progetto Rosetta@home. Per aderirvi essi invitano a visitare la pagina Web del progetto Rosetta@home da cui è possibile scaricare il software necessario.

Fonte: Le Scienze (19/04/2006)
Pubblicato in Biochimica e Biologia Cellulare
Tag: wcg, calcolo distribuito, grid, molecularlab
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