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Erica D
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 16 gennaio 2023 : 12:49:40

Ciao a tutti, vi scrivo per chiedere aiuto su SRA (NCBI)...per caso sapete se c'� un modo per scaricare le sequenze caricate (in particolare a me interessano le scRNA-seq) senza avere Linux? scusate ma sono alle prime armi. Grazie tante a chi mi risponder�. :)

Patrizio
Moderatore

Citt�: Barcellona

1912 Messaggi

Inserito il - 18 gennaio 2023 : 16:30:13

Ciao Erica,
tu intendi i raw files? perche' a volte puoi trovare gia' le matrici elaborate.
Nel caso dei raw files devi installare fast-dump o fasterq-dump.

https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/fasterq-dump.html

Per far prima ti consiglio per prima cosa di installare e quindi utilizzare da terminale Anaconda che e' un installatore automatico di tools bioinformatici.

https://docs.anaconda.com/anaconda/install/windows/

Una volta installato ti bastera' cercare quello che ti serve su conta e fare copia e incolla del link che ti fornisce sul terminale

Generalmente queste analisi sono impossibili da fare in local a meno che tu non abbia un computer super potente e quindi devi utilizzare la workstation o clusters dell'istituto