La CE finanzia con 8 milioni di euro una data grid per la bioinformatica europea

Una nuova rete di eccellenza, incaricata a standardizzare le modalità con cui i dati biologici vengono messi a disposizione degli scienziati, migliorerà sensibilmente laccesso a questo tipo di inform

Una nuova rete di eccellenza, incaricata a standardizzare le modalità con cui i dati biologici vengono messi a disposizione degli scienziati, migliorerà sensibilmente l'accesso a questo tipo di informazioni.

La nuova rete di eccellenza EMBRACE ha ricevuto un finanziamento di 8,3 milioni di euro nell'ambito della priorità 'scienze della vita, genomica e biotecnologie per la salute' del Sesto programma quadro (6PQ). Al consorzio partecipano biologi computazionali di 17 istituti di 11 paesi, coordinati dall'European Bioinformatics Institute.

Attualmente gli scienziati archiviano e recuperano le ampie quantità d'informazioni biologiche costantemente generate in basi di dati, e i fornitori di dati specializzati fanno grandi sforzi per fornire risorse che siano al tempo stesso di facile uso e collegate ad altre basi.

Il problema nasce però quando differenti fornitori di dati usano metodi diversi per accedere alle proprie risorse: per trovare tutte le informazioni su un soggetto particolare, i ricercatori sono obbligati a ripetere la stessa ricerca in varie basi di dati.

L'iniziativa EMBRACE è stata lanciata per risolvere il problema e permettere a ciascun fornitore di dati di creare nella propria base un'interfaccia di ricerca conforme a un pacchetto di standard comuni.

Applicando il sistema alle più grandi e usate basi di dati biomolecolari europee, il consorzio creerà una 'data grid' che ottimizzerà il valore di queste inestimabili risorse.

'Molti eleganti e potenti strumenti di biologia computazionale vengono utilizzati al di sotto delle loro possibilità', afferma un membro del consorzio, Erik Bongcam-Rudloff dell'università di Uppsala. 'EMBRACE ci permetterà di liberarne il potenziale standardizzando la procedura di accesso'.

Oltre alla data grid, il consorzio ha anche creato un 'orologio tecnologico' per fare in modo che la grid non dipenda da una tecnologia presto obsoleta.

Per finire, i membri del consorzio EMBRACE intendono dare la più ampia diffusione alle informazioni sul loro lavoro, per fare in modo che gli scienziati non si limitino a utilizzare la nuova tecnologia ma contribuiscano anche ad espandere la data grid 'adattando' le proprie risorse di dati.

Fonte: (04/02/2005)
Pubblicato in Biotecnologie
Tag: EMBRACE, grid, bioinformatica, ebi

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