Il progetto Biobabel crea un'ontologia comune per gli attributi biologici

Lo European Bioinformatics Institute (EBI) ha annunciato di aver portato a termine con esito positivo il progetto BioBabel, che comprende la stesura di un vocabolario controllato e di unontologia com

Lo European Bioinformatics Institute (EBI) ha annunciato di aver portato a termine con esito positivo il progetto BioBabel, che comprende la stesura di un vocabolario controllato e di un'ontologia comune per la descrizione degli attributi biologici nelle banche dati biologiche.
Il progetto è stato finanziato dall'Unione europea nell'ambito del Quinto programma quadro, a titolo della priorità "Qualità della vita e gestione delle risorse biologiche". BioBabel è stato coordinato dall'EBI (Regno Unito), e ha riunito partner dell'Istituto svizzero di bioinformatica (Svizzera), dell'Istituto di biochimica dell'Università di Colonia (Germania) e del National Pharmaceutical Biotechnology Centre for Biochemistry del Trinity College (Irlanda). Il progetto è durato dal dicembre 2001 al novembre 2004.
Il titolo completo del progetto era "Enhanced interoperability of biological databases by standardisation of biochemical terminology and introduction of a shared ontology" (Potenziamento dell'interoperabilità delle banche dati biologiche mediante la standardizzazione della terminologia biochimica e l'introduzione di un'ontologia condivisa), e combinava i diversi punti di forza di gruppi europei attivi in vari ambiti della normalizzazione per la terminologia biochimica all'interno delle banche dati, allo scopo di sviluppare e applicare un vocabolario controllato e un'ontologia comune per la descrizione degli attributi biologici nelle banche dati biologiche.
Perché agli scienziati occorrono vocabolari standardizzati? Le banche dati biologiche descrivono un ampio spettro di informazioni.

La loro diversità costituisce un ostacolo per i tentativi di integrazione delle banche dati stesse. Il progetto Biobabel ha consentito lo sviluppo e l'applicazione di ontologie comuni per la descrizione degli attributi biologici all'interno di tali banche dati. Le ontologie possono essere definite come sistemi di rappresentazione della conoscenza. Nel contesto in oggetto, ciò si riferisce in particolare alla rappresentazione di modelli e ipotesi in termini compatibili dal punto di vista informatico. Un lavoro del genere consentirà agli utenti di semplificare l'inoltro di interrogazioni complesse alle diverse banche dati. I partner del progetto si sono posti quale obiettivo l'applicazione della terminologia normalizzata in tutte le banche dati da loro prodotte e aggiornate.
Il progetto consisteva in 12 gruppi di lavoro ripartiti in sei diverse categorie:
- ricerca e sviluppo di un vocabolario controllato di terminologia biologica e biochimica;
- ricerca e sviluppo di un vocabolario controllato strutturato; la Gene Ontology (GO, ontologia genica) per la descrizione di prodotti genici in termini di funzione molecolare, di ruolo biologico e di ubicazione cellulare;
- sviluppo e realizzazione di un sistema di banche dati per immagazzinare il vocabolario controllato di terminologia biologica e biochimica e la Gene Ontology, per consentire ai partner di tenere aggiornato il vocabolario controllato;
- applicazione del vocabolario controllato di terminologia biologica e biochimica all'interno delle banche dati dei partner di BioBabel;
- classificazione rigorosa dei dati all'interno di banche dati di sequenze proteiche, firme proteiche, enzimi e funzioni enzimatiche con termini GO;
- sviluppo e applicazione di nuovi strumenti di accesso e di recupero che consentano ai ricercatori di trarre il massimo vantaggio dalle informazioni presenti nelle banche dati che partecipano al progetto.
Biobabel ha conseguito l'obiettivo che si era posto, ossia potenziare l'interoperabilità delle banche dati biologiche grazie a una standardizzazione più adeguata della terminologia biochimica, e mediante l'introduzione di ontologie condivise che consentiranno agli utenti di semplificare l'inoltro di interrogazioni complesse alle diverse banche dati.
I partner di BioBabel hanno introdotto l'ontologia normalizzata in tutte le banche dati da loro prodotte e aggiornate. L'accesso a tali banche dati di sequenze con un livello elevato di interoperabilità, a banche dati genomiche, a banche dati di motivi proteici, a banche dati di enzimi e a banche dati di nomenclature consentirà ai ricercatori di attingere informazioni sulla struttura e la funzione di geni e proteine, e di metterle in relazione all'insieme esistente di conoscenze scientifiche.
Per ulteriori informazioni consultare:
http://www.ebi.ac.uk/biobabel

Fonte: (30/06/2005)
Pubblicato in Biotecnologie
Tag: BioBabel, ontologia, classificazione, EBI

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