Quali genomi sequenziare?

Proposti alcuni metodi per risparmiare tempo e denaro

Dopo quelli dell'uomo, del topo, della gallina e di altri animali, quali saranno i prossimi genomi che gli scienziati dovrebbero sequenziare? In un articolo pubblicato sulla rivista "PLoS Genetics", Fabio Pardi e Nick Goldman Istituto europeo di bioinformatica del Laboratorio Europeo di Biologia Molecolare (EMBL) di Heidelberg dimostrano che scegliere di volta in volta la migliore specie a disposizione è un metodo altrettanto efficace che progettare in anticipo il sequenziamento di più genomi.
Il sequenziamento del DNA fornisce molte preziose informazioni per i biologi, ma è una pratica costosa e che richiede tempo. Gli scienziati necessitano perciò di una strategia per selezionare gli organismi che possono fornire il maggior numero di informazioni.

Una soluzione è quella di sequenziare gli organismi imparentati più alla lontana, in modo da ottenere sequenze con la maggiore diversità possibile. Nei centri di ricerca, la tendenza è sempre stata quella di scegliere un gruppo di nuovi genomi, distanti fra loro, da sequenziare insieme. Lo studio di Pardi e Goldman, però, dimostra che la scelta di un solo candidato alla volta fornisce altrettante informazioni. "Gli informatici - spiega Goldman - la chiamano 'strategia dell'avarizia'. Se un centro di ricerca ha abbastanza fondi per sequenziare cinque organismi diversi, ci si aspetterebbe di ottenere maggiori informazioni considerandoli tutti e cinque insieme. Noi invece abbiamo scoperto, abbastanza controintuitivamente, che è meglio procedere un passo alla volta".
La divergenza evolutiva non è l'unico fattore che gli scienziati prendono in considerazione quando devono scegliere l'organismo su cui lavorare. La strategia di Pardi e Goldman, però, consente di utilizzare gli altri criteri soltanto se essi possono essere quantificati: per esempio, i costi del sequenziamento o l'importanza economica dell'organismo.
F. Pardi, N. Goldman, "Species choice for comparative genomics: being greedy works". PLoS Genetics (25 novembre 2005).

Fonte: (05/12/2005)
Pubblicato in Genetica, Biologia Molecolare e Microbiologia
Tag: genoma, sequenziamento

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