Il genoma di Drosophila a confronto

Grazie al confronto dei genomi di 12 specie di moscerino è stato possibile scoprire più geni funzionali ed identificare le sequenze altamente conservate

Sulla rivista "Genome Research" sono comparsi vari articoli riguardanti un programma di mappatura genetica di 12 specie di moscerini della frutta strettamente imparentate
Grazie a questa ricerca sarà possibile disporre di una più vasta e approfondita conoscenza dei geni funzionali e dei meccanismi di regolazione genetica nella Drosophila melanogaster il più importante organismo utilizzato negli studi di genetica.
In passato erano già state mappate le sequenze di piccole molecole di RNA con funzione di regolazione genica, dette microRNA (miRNA), grazie ad uno studio, coordinato da David Bartel, del Whitehead Institute for Biomedical Research del MIT/HHMI, di Cambridge, nel Massachusetts ma in anni recenti ne sono state scoperte di nuove. Grazie a questa mole di dati è stato possibile verificare quali di questi miRNA siano comuni a tutte le specie considerate.
Bartel.

ha spiegato che "La maggior parte dei 59 nuovi miRNA che abbiamo trovato non erano stati previsti, né da noi né da altri. Tale risultato mostra i vantaggi del cosiddetto sequenziamento high-throughput per studiare piccole molecole di RNA, così come i limiti dell'analisi comparativa della sequenza per l'identificazione dei geni dei miRNA."
Grazie ai dati ottenuti Manolis Kellis e colleghi del MIT/Broad Institute, sempre di Cambridge, hanno utilizzato metodi computazionali per prevedere e validare sperimentalmente nuovi miRNA e per definire le proprietà strutturali dei miRNA noti. Grazie alla classificazione dei miRNA si è notata una diversità nella regolazione genica che essi svolgono ottenendo nuovi dati sulla biogenesi e sulla funzione delle molecole stesse.
Nella Drosophila melanogaster sono 14.000 i geni che codificano per delle proteine, e il gruppo di Kellis ha identificato le "firme" evolutive di geni codificanti grazie all'analisi comparativa dei 12 genomi, al fine di valutare il "catalogo" di tali geni.
Lo studio ha portato alla scoperta di centinaia di nuovi geni.
Le sequenze genetiche delle 12 specie di Drosophila vengono utilizzate anche in un terzo studio, condotto da Boris Lenhard e colleghi dell'Università di Bergen in Norvegia, per studiare l'alta conservazione di sequenze di DNA a funzione regolatoria (gli HCNE), di norma controllata dai GRB (genomic regulatory blocks).
Lenhard ha commentato ""Utilizzando il confronto tra genomi d'insetto abbiamo dimostrato che la regolazione ad ampio range dei geni dello sviluppo da parte di schiere di elementi di regolazione altamente conservati è una caratteristica antica, e che essa ha influenzato fortemente l'evoluzione degli animali"

Redazione (24/03/2009)
Pubblicato in Genetica, Biologia Molecolare e Microbiologia
Tag: HCNE, GRB, Drosophila, mappatura, miRNA

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