Recon 2, una Google Map del metabolismo umano

Mappate oltre 7400 reazioni del metabolismo per capire l'influenza di farmaci su malattie e cancro

Basato su un pionieristico lavoro della University of California, San Diego, un consorzio internazionale ha prodotto la più completa ricostruzione virtuale del metabolismo umano a nostra disposizione.
"Recon 2 permettei ai ricercatori biomedici di studiare il metabolismo umano con maggior precisione di quanto sia mai stato possibile in precedenza. Ciò è essenziale per capire dove e come uno specifica via metabolica va fuori strada causando una malattia", ha detto Bernhard Palsson Professore di Bioingegneria alla UC San Diego Jacobs School of Engineering.
I ricercatori paragona Recon 2 a Google Map per la sua capacità di fondere i complessi dati delle diverse vie metaboliche intrecciate tra loro in un'unica mappa interattiva.
Per esempio i ricercatori che cercassero come il metabolismo fornisce le condizioni per la crescita tumorale possono ingrandire sulla "mappa" per dettagliate immagini di specifiche reazioni metaboliche o avere una visione di insieme per trovare pattern e relazioni tra vie o settori diversi del metabolismo.
"E come avere le coordinate di tutte le auto di una città ma nessuna cartina stradale.

Senza questo strumento [Recon 2, nda] non sappiamo perché le persone si muovono in questo modo", continua Palsson.
Utilizzando modelli simili in organismi più semplici come E. coli e lievito Palsson ed altri ricercatori sono stato in grado di progettare microrganismi più efficienti nella produzione di etanolo o predire la resistenza ad antibiotici.
Una delle applicazioni più promettenti per la ricostruzione della rete metabolica è la capacità di identificare specifiche espressioni geniche ed i percorsi metabolici al fine di somministrare farmaci mirati. Esistono grandi banche dati con l'espressione genica di cellule trattate con farmaci esistenti o in fase di sviluppo: Recon 2 permette ai ricercatori di usare questi dati e la conoscenza del metabolismo per capire come alcuni farmaci potrebbero compromettere vie metaboliche specifiche per la crescita di cellule tumorali ad esempio.
Palsson nel 2007 ha costruito una prima rete virtuale del metabolismo umano che era caratterizzato da più di 3300 reazioni metaboliche documentate in 50 anni di ricerca. Recon 2 contiene più di 7.400 reazioni ed è stato costruito riunendo ricercatori provenienti da istituzioni di tutto il mondo.
Recon 2 è disponibile liberamente al sito http://humanmetabolism.org .

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