37 mln di dollari da appassionati per il folding proteico

MolecularLab.it partner del World Community Grid

Completato lo Human Proteome Folding del WCG, studenti ed appassionati hanno donato la loro potenza di calcolo per analizzare strutture proteiche per un valore di 37 mln di dollari

Il World Community Grid ha completato la seconda fase del progetto "Human Proteome Folding" con il quale utenti di tutto il mondo hanno donato la potenza dei propri processori per avere simulazioni sulle strutture proteiche.

MolecularLab è partner dal dicembre 2005, il primo gruppo italiano. "Con il World Community Grid tutti possono partecipare attivamente alla ricerca anche rimanendo a casa, anche senza avere alambicchi e provette o senza conoscere niente di informatica o biologia" dichiara Riccardo Fallini, il fondatore del sito.

Lo Human Proteome Folding è stato un progetto enorme, lanciato nel Giugno del 2006, uno dei progetti di più lunga data del World Community Grid. Con i loro computer, hanno donato più di 123000 anni di potenza di calcolo per fare simulazioni ed aiutare a determinare la struttura delle proteine.

I ricercatori hanno reso disponibile i dati delle strutture proteiche calcolate durante questo progetto attraverso databse pubblici. Dati che hanno portato alla pubblicazione di otto articoli scientifici in giornali accademici. Questi risultati hanno aiutato una migliore comprensione di proteine coinvolte in molte malattie e guidato allo sviluppo di ulteriori ricerche per possibli trattamenti.

I dati sono stati gestiti dal laboratorio di Richard Bonneau insieme a Duncan Penfold Brown e Kevin Drew, entrambi programmatori.

Hanno calcolato che costo avrebbe avuto un cloud computing di tanto lavoro. Considerando che i processori dei volontari di tutto il mondo hanno fornito quasi 123mila anni di CPU e che il costo per ora per un cloud computing è di 35 centesimi di dollaro si ottiene:
122901 cpu years * 365 days/year * 24 hours/day * .035 dollars/cpu hour = $37,681,446

37 milioni di dollari spiegano e mostrano davvero la potenza di ciascun utente, ricercatore, studente o semplice appassionato che attraverso il World Community Grid.
"Siamo molto orgogliosi di questo numero perchè rappresenta cosa può succedere quando singoli individui partecipano insieme in un progetto di ricerca scientifica" , dicono i ricercatori del Bonneau Lab.

Ora che il progetto Human Proteome Folding è conlcuso attraverso il World Community Grid è possibile partecipare ad altri progetti che sfruttano la potenza del calcolo distribuito.
In rilievo il FightAIDS@Home ed il Clean Energy Project.
Con FightAIDS@Home un software chiamato AutoDock utilizza un database di piccole molecole per vedere se possono legarsi ed interagire con parti della proteasi HIV, così che quelle migliori possano poi essere selezionate e testate in laboratorio per verificare l'efficenza contro il virus HIV.
Con il Clean Energy Project si utilizza un database di 2 milioni di composti organici per comprendere il loro potenziale nel convertire la luce del sole in elettricità. Attualmente circa 36 mila molecole hanno mostrato un potenziale di performance doppia rispetto le più comune celle solari. L'obbiettivo è quindi trovare nuovi materiali per la prossima generazione di celle solari e successivamente di strutture per la conservazione dell'energia.

Ultimo Report su Human Proteome Folding
http://bonneaulab.bio.nyu.edu/wcg/thread_2013_06_17.html

Squadra di MolecularLab su WCG
http://www.molecularlab.it/wcg/team.asp

Sito del World Community Grid
http://www.worldcommunitygrid.org/

Approfondimenti: Ultimo Report su Human Proteome Folding Squadra di MolecularLab su WCG Sito del World Community Grid

Redazione (10/07/2013)
Pubblicato in Biochimica e Biologia Cellulare
Tag: WCG, proteine

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