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Un virus al computer

West Nile virus structure


Sono stati utilizzati i principi della reverse engineering per ricostruire la dinamica di tutti gli atomi

La ricerca è frutto della collaborazione tra i biologi computazionisti dell’Università dell’Illinois a Urbana-Champaign e i cristallografi dell’Università della California a Irvine e il risultato raggiunto – la prima simulazione di un virus completo – fa ben comprendere perché siano state necessarie competenze scientifiche così diverse. Finora infatti gli studi “in silico” hanno riguardato soltanto particolari processi di cellule o loro parti, come le proteine, ma mai un intero “sistema” biologico.
Per agevolare lo svolgimento dello studio, i ricercatori hanno focalizzato la loro attenzione sul virus satellite del mosaico del tabacco, caratterizzato da una notevole semplicità e da dimensioni limitate.
Si tratta infatti di un agente sub-virale di forma sferica che non è in grado di proliferare in una cellula ospite se questa non è già stata infettata da un virus helper.
I ricercatori hanno così utilizzato i principi della reverse engineering per ricostruire la dinamica di tutti gli atomi (un totale di un milione circa) che compongono il virus satellite circondato solo da piccole gocce di acqua e sale. La complessità dei calcoli è stata affrontata grazie a uno dei più veloci computer del mondo che è in funzione presso il National Center for Supercomputing Applications.
“Le simulazioni - ha spiegato Peter Freddolino, coautore dell’articolo apparso sulla rivista ‘Structure’ - hanno riprodotto la vita del virus in esame solo per poco tempo, ma nonostante ciò hanno permesso di chiarire alcune proprietà fisiche fondamentali della particella virale così come di ottenere informazioni cruciali sulla sua struttura.”

Fonte: Le Scienze (17/03/2006)
Pubblicato in Biochimica e Biologia Cellulare
Tag: computer, virus, simulazione
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