Si considera una malattia causata dalla mutazione in un gene (K12) che provoca la sostituzione di una leucina con una Prolina, in posizione 132. ( sostituzione di una R con una C in posizione 395 della coding sequence di K12. Si vuole trovare un siRna capace di silenziare specificamente l'allele mutato. Vi riporto proprio una parte dell'articolo
" siRNAs (19+2 format; 19-nucleotide duplex with two 3' uracyl
nucleotide overhangs) were synthesized by MWG Biotech AG
(Ebersberg, Germany) to screen all possible target sequences
containing the Leu132Pro mutation, plus positive and negative
controls. This T >C point mutation occurs at position 395 in the
K12 coding sequence, numbering by convention where the
initiating ATG, = 1 and excluding the 5'UTR (c.395T> C).
The sense and antisense strands for the mutation-specific siRNA
reagent designated as K12-L132P-1 were 5'-AGA AAC UAU
GCA AAA UCC UU and 5'-GGA UUU UGC AUA GUU UCU
UU, respectively (mutant position underlined"
Ora vi metto pure tutte alcune sequenze che sono state designate:
K12
5'-TCTGGATCAGAAAAAGAAACTATGCAAAATCTTAATGATAGATTAGCTTCCTACCTGGATAAG-3'
K12 mutante
5'-TCTGGATCAGAAAAAGAAACTATGCAAAATCCTAATGATAGATTAGCTTCCTACCTGGATAAG-3'
CCT
K12-L132P-1_____________________AAGAAACUAUGCAAAAUCCUU
K12-L132P-2______________________AGAAACUAUGCAAAAUCCUUU
K12-L132P-3_______________________GAAACUAUGCAAAAUCCUAUU
Non capisco che bisogno c'è di fare tutte queste sequenze se loro già sanno la posizione della mutazione ( o forse nn la sanno?) Non ho nemmeno capito il criterio cn cui vengono formate queste sequenze..
siRNA design
Didattica e Relazioni
Inserito il - 03 luglio 2012 : 13:35:40
