1. troppo grande, quindi poco manegevole per le tecniche molecolari (trasformazione batterica, trasfezione,...) 2. non ha un sito di policlonaggio. nei vettori di clonaggio ci sono siti unici di restrizione per permettere il taglio solo in un punto dove inserire il frammento. in un cromosoma batterico è difficile trovare un sito di restrizione unico che ti possa servire 3. usi i vettori perchè hanno delle caratteristiche (costruite appositamente in maniera ricombinante) come un promotore forte, o un gene reporter, o una resistenza specifica ad un antibiotico, che non hai in un cromosoma, oppure viceversa nel cromosoma hai geni che possono interferire in qualche modo con la funzione del frammento che vai a clonare.