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Discussione |
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King D
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Acerra
98 Messaggi |
 Inserito il - 24 gennaio 2009 : 18:54:20
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Qualcuno, gentilmente, può spiegarmi come avviene la chiusura dei gap dopo il sequenziamento? Grazie mille! 
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2009 : 00:38:28
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| parli del sequenziamento di sanger? quali gaps, scusa? |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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King D
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Acerra
98 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2009 : 02:53:22
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| Mi riferisco ai contig, ottenuti dopo il sequenziamento e l'allineamento, e a come si fanno a coprire i gap tra due contig. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2009 : 09:42:16
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Puoi dirci precisamente di che sequenziamento parli?
dire contig non credo sia corretto entrambi i modelli portano all overlap di sequenze per formare dei contigui (a meno che non specifichi contig di cloni BAC ..etc)
quindi :
Venter, of the private company Celera Genomics
Collins del Consorzio pubblico
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2009 : 16:41:53
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Se ti riferisci al sequenziamento genomico con i metodi, oramai storici, dei contig
l'informazione che ottieni non ha 'gaps' proprio per l'overlapping (sovrapposizione)
dei vari cloni contigui. Le molecole fisiche sono chiaramente separate, e non c'è
bisogno di saldarle, anzi la separazione avviene proprio per facilitare il sequenz.
singolo di ciascuna molecola (magari tramite frammentazione shotgun) |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1914 Messaggi |
Inserito il - 25 gennaio 2009 : 17:42:44
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Aggiungo qualcosa che puo' essere utile
E' importante comprendere che le due sequenze genomiche pubblicate nel 2001 sono abbozzi,non sequenze finali complete.
Ad esempio,la versione ottenuta tramite l'approccio dei contig di cloni copre appena il 90% del genoma;i restanti risiedono prevalentemente nell eterocromatina costitutiva dove si ritiene con contengano pochi o nessun gene.Del 90% del genoma che e' stato scoperto ciascuna regione e' stata sequenziata almeno 4 volte,fornendo un livello di accuratezza accettabile,ma soltanto il 25% e' stato sequenziato 8-10 volte necessario affinche' il lavoro possa essere considerato'finito'
in oltre la mancanza di accuratezza puo' causare problemi maggiori quando si tenta di posizionare quei geni o di comprenderne la funzione |
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King D
Nuovo Arrivato
Prov.: Napoli
Città: Acerra
98 Messaggi |
Inserito il - 26 gennaio 2009 : 19:54:00
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Capito. Devo chiarirmi un attimo le idee, allora. Grazie a tutti per la disponibilità!  |
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Sequenziamento e chiusura dei gap
Didattica e Relazioni
