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Autore

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fabdipi
Nuovo Arrivato

35 Messaggi

Inserito il - 01 giugno 2006 : 13:06:51

Qualcuno sa come si progettano dei primer per pcr in modo abbastanza dettagliato?
Grazie

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 01 giugno 2006 : 13:24:34

Beh, e' un discorso piuttosto lungo... vuoi sapere qualcosa in particolare?

Questa pagina potrebbe esserti di aiuto.
Inoltre ti consiglio Primer 3 (www.cgi" target="_blank">http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi) per trovare le sequenze. (al solito... il forum impazzisce inserendo l'indirizzo di primer3!)

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fabdipi
Nuovo Arrivato

35 Messaggi

Inserito il - 02 giugno 2006 : 11:46:38

grazie per la risposta.Cerco per� qualcosa di piu dettagliato cio� la progettazione vera e propria.Mi spiego meglio.Vorrei sapere come si fanno a scegliere le sequenze,a progettarle a capire se sono quelle giuste..ecc.. cioe tutti i passaggi da effettuare..Grazie

fraulan
Nuovo Arrivato

Prov.: Ferrara
Citt�: Ferrara

25 Messaggi

Inserito il - 02 giugno 2006 : 18:25:43

Quando devi prepararti una serie di primers di solito (io almeno faccio cosi`) puoi sfruttare PubMed.
Se vai nella sezione dedicata ai geni e inserisci il nome del gene che ti interessa, girando un po' per i links che ti vengono proposti, arrivi ad avere sia la sequenza del gene intero (esoni e introni) sia la sequenza del trascritto (solo esoni) e, se sei fortunato, anche le sequenze dei vari splicing alternativi.
Fatto questo, selezioni la sequenza che ti interessa e poi, con un po' di prove, primer 3 ti fornisce varie coppie di primers fra cui puoi scegliere. Io personalmente mi preparo sempre circa 4-5 coppie diverse di primers e poi le testo per vedere qual e` la quella che fa al caso mio.
Spero di esserti stata d'aiuto.

Saluti dalla Ohio State University!!

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 04 giugno 2006 : 10:10:09

Prova a vedere se qui: http://apollo11.isto.unibo.it/lab/3_primers.htm
trovi le risposte che ti servono!

Dopo averli disegnati io faccio senpre un blast sia dei primers che della sequenza amplificata per assicurarmi che siano specifici.