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bthologo
Nuovo Arrivato

1 Messaggi

Inserito il - 05 dicembre 2009 : 12:50:20

Salve a tutti! Durante un tirocinio, per poter caratterizzare un ceppo di lievito(che avevo in coltura pura), dopo aver estratto il DNA, ho effettuato una PCR ITS, per poi inviare questo amplificato ad un centro di sequenziamento. nella fattispecie sono stati utilizzati primers ITS1 e ITS4. Detto questo passo alle domande.

1)Qualcuno di voi saprebbe darmi informazioni teoriche (anche link, powerpoint, qualsiasi cosa) riguardanti la TEORIA e il meccanismo base dell'amplificazione ITS?

2)mi ricordo che, assieme all'amplificato, dal nostro laboratorio � stato inviato anche un primer verso il centro di sequenziamento; perch�?

3) avete a disposizione protocolli di amplificazioni ITS di lievito?

Grazie mille spero che qualcuno mi possa aiutare.

mak_steon
Utente Junior

138 Messaggi

Inserito il - 09 dicembre 2009 : 13:15:27

1) Il meccanismo di amplificazione dell'ITS (che non � altro che una regione, Internal Transcribed Spacer, interna all'rDNA dei lieviti) � identico a quello delle altre PCR. Ovviamente cambiano i primer.
Solitamente l'amplificazione di questa regione di DNA (seguita da una digestione enzimatica o da un sequenziamento) viene fatta per l'identificazione a livello di specie di un isolato.
Io personalmente non l'ho mai fatta per una caratterizzazione a livello di ceppo.

2) Solitamente, quando si invia un amplificato a sequenziare, si mettono insieme anche i primer della sequenza amplificata che verranno usati proprio per dare il via al sequenziamento.

3) http://www3.interscience.wiley.com/journal/119099202/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0
Se non riesci a vedere l'articolo fammelo sapere che te lo invio

Altre notizie su la regione ITS le puoi trovare qui:
http://en.wikipedia.org/wiki/Internal_transcribed_spacer
http://www.ilgranoduro.it/POMB34/pdf/ottimizzazione/cap6.pdf

Ciao Ciao