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ramaya86
Nuovo Arrivato



46 Messaggi
Inserito il - 12 novembre 2013 : 13:34:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ramaya86 Invia a ramaya86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti! avrei bisogno di una mano...sto leggendo un articolo che confronta le proteine del tripanosoma cruzi sottoposto a heat shock con il controllo a T normale con lo scopo di studiare proteine che non sono heat shock per scoprire come sopravvive il parassita quando si muove da un ospite vertebrato ad un ospite invertebrato in modo da trovare un potenziale agente terapeutico. La tecnologia usata è elettroforesi bidimesionale e poi le proteine differenzialmente espresse sono analizzate con MALDI-TOf. vorrei sapere secondo voi, quale potrebbe essere un metodo alternativo, per ottenere lo stesso risultato. avevo pensato ad una DIGE
GRAZIE

0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi
Inserito il - 12 novembre 2013 : 21:27:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
microarray per ottenere qualche prova a livello di espressione genica
So, forget Jesus. The stars died so that you could be here today.
A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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ramaya86
Nuovo Arrivato



46 Messaggi
Inserito il - 13 novembre 2013 : 10:37:53  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ramaya86 Invia a ramaya86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quindi magari fare microarray per confrontare gli stati cellulari e poi però gli spot andrebbero trattati con tripsina e analizzati con spettrometria? giusto?
Volevo farti un'altra domanda: conosco il MASCOT come programma per vedere la probabilità che la proteina contenuta nella banca dati è più simile alla mia(quella sperimentale) e so che fa uso di un algoritmo. Nel mio articolo riporta il valore del MOWSE score la differenza è che questo è l'algoritmo del MASCOT? cioè avendo già il MOWSE Score io non devo applicare l'algoritmo
punteggio valutato dal software=- log(P)
perché me lo ha già calcolato lui? o lo devo applicare in modo da calcolarmi la probabilità che il match tra la proteina sperimentale e quella nel database non sia casuale??
GRAZIE
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ramaya86
Nuovo Arrivato



46 Messaggi
Inserito il - 13 novembre 2013 : 12:24:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ramaya86 Invia a ramaya86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
posso fare un'altra domanda a cui personalmente con il mio studio non so rispondere?
mi viene chiesto di mettere in ordine crescente di potere di risoluzione queste strumentazioni spettrometriche
• Orbitrap
• Maldi-ToF a riflessione
• Sistemi quadrupolari

direi i sistemi quadrupolari per ultimi
poi maldi -tof
poi orbitrap
che dite?
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ramaya86
Nuovo Arrivato



46 Messaggi
Inserito il - 13 novembre 2013 : 18:09:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ramaya86 Invia a ramaya86 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ritornando al discorso principale...stavo riflettendo e non capisco perché non applicare la DIGE? alla fine nell'articolo fa una differenza tra la condizione normale e la condizione sperimentale quindi fa proteomica differenziale...perché quindi la DIGE non andrebbe bene? ho l'esame venerdì e l'articolo lo devo presentare...mi aiutate?
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0barra1
Utente Senior

Monkey's facepalm

Città: Paris, VIIème arrondissement


3847 Messaggi
Inserito il - 13 novembre 2013 : 21:20:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di 0barra1 Invia a 0barra1 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da ramaya86

posso fare un'altra domanda a cui personalmente con il mio studio non so rispondere?
mi viene chiesto di mettere in ordine crescente di potere di risoluzione queste strumentazioni spettrometriche
• Orbitrap
• Maldi-ToF a riflessione
• Sistemi quadrupolari

direi i sistemi quadrupolari per ultimi
poi maldi -tof
poi orbitrap
che dite?


Concordo

E si, puoi usare anche una DIGE.

Per i microarray mi riferivo a studi di espressione genica a lavello trascrittomico (mRNA per intenderci)

Per il resto vado un po' di fretta
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A Universe From Nothing, Lawrence Krauss
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