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 Sequenza unica in un dato genoma
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Tag   esercizi genetica    siti di restrizione  Aggiungi Tag

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sophielle
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3 Messaggi

Inserito il - 11 novembre 2015 : 16:34:55  Mostra Profilo Invia a sophielle un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Negli appunti di biologia molecolare di un mio compagno ho trovato questo esercizio che non riesco a capire:
"Dato un genoma di 10'000 bp, volendo tagliare in un punto unico, qual'è la lunghezza ideale del sito di riconoscimento dell'enzima di restrizione?
C'è scritta la risposta ma non riesco a capire il ragionamento: 4^7=16'384

Grazie per l'aiuto!

GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 11 novembre 2015 : 18:49:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
E' un calcolo statistico:
"4" sono le basi possibili (A, C, T, G)
se hai una sequenza di 2 basi il numero di combinazioni possibili sono: 4^2 = 16 (AA, AC, AT, AG, CA, CC, CT, CG, TA, TC, TT, TG, GA, GC, GT, GG)
ecc...
se hai una sequenza di 7 basi il numero di combinazioni possibili sono: 4^7 = 16'384
avendo un genoma più corto, ovvero 10'000bp, utilizzare una sequenza di 7 basi ti assicura che quella sequenza sia presente una sola volta nel tuo genoma.
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sophielle
Nuovo Arrivato



3 Messaggi

Inserito il - 12 novembre 2015 : 14:31:50  Mostra Profilo Invia a sophielle un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da GFPina

E' un calcolo statistico:
"4" sono le basi possibili (A, C, T, G)
se hai una sequenza di 2 basi il numero di combinazioni possibili sono: 4^2 = 16 (AA, AC, AT, AG, CA, CC, CT, CG, TA, TC, TT, TG, GA, GC, GT, GG)
ecc...
se hai una sequenza di 7 basi il numero di combinazioni possibili sono: 4^7 = 16'384
avendo un genoma più corto, ovvero 10'000bp, utilizzare una sequenza di 7 basi ti assicura che quella sequenza sia presente una sola volta nel tuo genoma.



Si avevo provato a fare anche io questo ragionamento, il problema è che non riesco a capire come si possa così avere la certezza che la sequenza in questione non si ripeta. Visto che cmq in quelle 10'000bp non sappiamo come si ordineranno le basi. (es. magari un sito di restrizione è AATTGGC e si ripete più volte all'interno di quelle 10'000bp).
Potrebbe essere impostato male l'esercizio?
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kundu-87
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9 Messaggi

Inserito il - 25 luglio 2016 : 16:39:26  Mostra Profilo Invia a kundu-87 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusa non ho capito bene perchè hai una sequenza di 7 basi.........
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Gurzor
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7 Messaggi

Inserito il - 15 agosto 2016 : 17:08:29  Mostra Profilo Invia a Gurzor un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
kundu, sequenza di 7 basi perché è la lunghezza del sito di restrizione, che solitamente è preferibile utilizzare esamerico.
sophielle, in maniera probabilistica si può avere la certezza con errore molto basso che la sequenza in questione sia l unica nel genoma. nel caso non si fosse sicuri (nel caso reale, non nell esercizio) potresti provare ad allineare
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