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Pietro LMA
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 Inserito il - 08 ottobre 2022 : 12:47:07
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Salve, sono Pietro, lavoro al Cad., sono, diciamo meno giovane della maggioranza di voi e cosa più importante, ne capisco ben poco di biologia.
Ho un’esigenza diversa da quelle che immaginino si trovino sul forum. Sto scrivendo un racconto e sono nella parte finale, nel momento in cui un gruppo di ricercatori parla del proprio lavoro.
Per evitare di rimanere troppo nel vago ho cercato (impiegando a tale scopo molto più tempo di quanto avessi preventivato,) una pubblicazione scientifica da usare come guida e che fosse vicina alle mie esigenze. L’argomento che mi interessava era la morte dei neuroni dovuta al Parkinson. Ne ho trovata una che descriveva l’azione di una molecola neuro-protettiva, la selegilina. Non sono in grado di leggere e capire una pubblicazione scientifica se non per sommi capi ma anche con questo mio limite la selegilina e i suoi effetti erano quello che cercavo. Preciso che nel mio racconto non riporto date e che quindi non sono interessato alla situazione attuale relativa alla molecola o a medicinali (supponendo che ci siano) basati sulla selegilina. Per le mie necessità va benissimo pensare che la molecola, che se ho ben capito è stata (individuata – scoperta – costruita, mi piacerebbe saperlo dire) tra il 1960/70 sia una scoperta recente e ancora poco conosciuta.
La situazione che debbo descrivere si può così riassumere:
Al responsabile del dipartimento di biologia di una università è stata proposta una collaborazione con una ditta farmaceutica di piccole dimensioni che detiene il brevetto di una molecola che ha già mostrato, anche se non in modo definitivo, di avere effetti neuroprotettivi. (Diciamo per l’appunto la selegilina da poco individuata.) Lo scopo dell’eventuale accordo è quello di verificare ed ottimizzare tali effetti, provando a modificando la molecola stessa. (Come si modifica una molecola, la si stringe in una morsa e si lavora di lima e martello?)
Il dipartimento esamina la proposta e la accetta.
Le mie difficoltà nascono dal fatto che non ho travato in rete nessun esempio di una discussione che possa dirsi vicina a quelle che avvengono in un laboratorio. Mi mancano frasi, affermazioni, scambi di opinioni che possono aversi tra ricercatori prima di scegliere la strategia da seguire in una ricerca. Quello che trovo sono i risultati ottenuti in degli esperimenti che confermano o smentiscono degli effetti e non i dubbi e le scelte che precedono tali esperimenti. Trovare quelli relativi alla nascita della selegilina sarebbe forse stato pretendere troppo anche dalla rete ma non sono riuscito neanche a trovare un qualche esempio relativo ad altre situazioni.
I protagonisti del mio racconto sono chiamati a confrontarsi sull’azione neuro-protettiva di una nuova molecola e del come si possa eventualmente renderla più efficace. Di cosa avrebbero potuto parlare prima di passare alla fase operativa? In una discussione c’è bisogno di antagonismo, di opinioni diverse che si confrontano, in questo caso di motivazioni tecniche o scientifiche in contrasto tra loro. Ho provato ma non riesco a dare un seguito a frasi del tipo ma non potremmo... non sono d’accordo perché..., penso che la soluzione migliore sia... Al punto in cui mi trovo è necessario aggiungere qualcosa che le renda motivate o perlomeno plausibili.
Faccio un esempio.
Nella pubblicazione che mi fa da guida Neuroprotection by propargylamines in Parkinson’s disease è riportato tra l’altro, come la selegilina abbia contrastato l’apertura di un foro nella membrana che circonda i mitocondri. (Un foro è qualcosa di comprensibile, anche se penso che quello di cui si parla sia probabilmente diverso da quello fatto con un trapano.) Una domanda che mi sono posto è questa. Era ovvio per tutti i partecipanti alla ricerca che si dovesse proprio guardare quello che succede nei mitocondri o è stata una scelta (rivelatasi poi vincente) portata avanti dopo averne valutato delle altre? È difficile immaginare un componente del gruppo che non fosse d’accordo a seguire quella strada? C’erano delle alternative, anche restringendo l’osservazione ai soli mitocondri, che sono poi risultate errate o meno valide e quindi non c’è traccia di loro nelle pubblicazioni successive?
Può sembrare strano ma spesso non sono utili (ai fini della scrittura) personaggi sempre vincenti. Nel mio caso è molto più vantaggioso dare voce a colui che in seguito si rivela essere in errore.
Il problema è anche quello di non cadere in cose troppo banali. Preparando un dolce può succedere di sbagliare la quantità di lievitò compromettendo il risultato finale ma dire che in un laboratorio si aumenta o si diminuisce la dose di una certa sostanza, per quanto comprensibile come possibilità, rende la dinamica della descrizione poco interessate. È lo stesso che dire che nella stanza dove il gruppo lavora c’era un grosso e potente microscopio. Per quanto fondamentale come strumento un microscopio (a meno che non si descriva uno strumento con particolari caratteristiche) rappresenta nell’immaginario comune, una ovvia presenza in un laboratorio e tale da non incuriosire.
Una seconda (e ultima) situazione che non riesco a risolvere è questa.
Uno dei protagonisti decide di portare dei campioni delle colture su cui si lavora ad un altro laboratorio. La molecola è coperta da brevetto per cui questa sua scelta è in qualche modo poco corretta. (La situazione è diversa da quella in cui Dennis, il programmatore in Jurassic Park, ruba gli embrioni nascondendoli in una finta bomboletta spray. Il film propone la più classica delle motivazioni, quella economica, nel mio caso prevale solo il desiderio di conoscere, di capire meglio, trovare una soluzione.) La domanda è: quale potrebbe essere il motivo tecnico che spinge il ricercatore a rivolgersi ad altri laboratori, ad altre strutture? È possibile immaginare che ci siano attrezzature non presenti nel dipartimento e del cui utilizzo una ricerca del tipo quella sulla selegilina possa agevolarsi, attrezzature semplicemente più nuove, procedure più aggiornate, alternative anche costose e non presenti nella dotazione standard di una università e tali da giustificare questa scelta?
Mi sarebbero utili anche indicazioni di base, del tipo come si sceglie un reagente, un colorante, una linea cellulare...
Ringrazio tutti per l’attenzione.
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sofychan
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101 Messaggi |
 Inserito il - 08 ottobre 2022 : 16:44:11
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Racconto ambizioso 
E' un po' difficile riassumere cosi' tante cose in un post, ti do qualche input, spero ne riceverai altri, e ti consiglierei di fare leggere il draft del tuo racconto a qualcuno nel campo. Disclaimer: io ho svariati anni alle spalle di ricerca ma non precisamente in quest'area. Cerco di rimanere generale, con spiegazioni da libro di testo e ricerca di laboratorio. Scusa se sono prolissa
Come si modifica una molecola? (+ flusso generale che magari puo' aiutarti per il dialogo)
Disclaimer: tante cose succedono per caso, mentre si lavora su una cosa se ne scopre un'altra
Metodo classico: devi in primis conoscere bene il tuo target, i.e. la proteina a cui la molecola si lega per indurre l'effetto. Spesso si usa modellistica molecolare: se la struttura terziaria (tridimensionale) della proteina è conosciuta (ci sono database di proteine), la si carica su un software, si individua la porzione della proteina ("tasca") a cui la molecola si lega per indurre l'effetto e, piu' precisamente, gli aminoacidi della proteina con cui la molecola interagisce, con legami molecolari piu' o meno deboli. Quindi si lavora sul progettare piccoli cambiamenti ai gruppi funzionali della molecola o piccole aggiunte/delezioni, in modo da migliorare l'interazione con la proteina. Il software fa tutto, ti dice per ogni nuova ipotesi di molecola come il tuo legame è migliorato o peggiorato (un valore numerico). Se non hai esperienza in modellistica molecolare (come nel lab in cui ero) vai un po' a logica, intuito e aiuto dalla letteratura, selezionando una libreria di molecole simili ma con sufficienti e giustificate differenze, che ti permettano di valutare conclusioni preliminari (questa funziona bene/questa no).
Dopo aver individuato i candidati piu' promettenti, si va in un lab di chimica per sintetizzare queste nuove molecole. Si usa molto la letteratura scientifica e alcune reazioni richiedono piu' o meno tempo e tentativi, quindi questo puo' richiedere tempo.
Una volta che la molecola è stata sintetizzata, purificata e caratterizzata (o direttamente comprata, se disponibile), devi verificare che effettivamente funzioni in lab quando testata sul target, come il software (o il tuo intuito) aveva predetto. Ci sono varie tecniche con cui puoi misurare in lab quanto forte è il legame tra la molecola e la proteina isolata (questo step a volte è saltato). Poi si passa alla coltura cellulare, in cui in genere si misura l'effetto a valle (cosa succede alle cellule quando gli dai il farmaco, e se il risultato conferma la tua ipotesi). Infine, se la molecola funziona con la cellule la si testa nei roditori.
Considerazione importante: quando vai a valutare come "ottimizzare una molecola" devi avere un approccio molto olistico, e valutare anche come la molecola si distribuisce nel corpo e se, con le sue caratteristiche, riesce a raggiungere facilmente il tessuto in cui il target si trova. Ad esempio il cervello ha una barriera protettiva difficile da attraversare per molte molecole. Puoi migliorare la distribuzione della molecola lavorando sulla sua formulazione, ma questo non risolve tutti i problemi.
Riguardo al tuo primo esempio (il poro nella membrana mitocondriale come causa di morte cellulare e il farmaco che puo' inibirlo):
Spesso si legge tanta letteratura e si fanno ipotesi da testare in laboratorio. Altre volte mentre si testa un'ipotesi si vede qualcosa di insolito/strano e lo scienziato medio cerca di investigare qualsiasi cosa, finendo spesso a fare scoperte piu' grandi. Oppure tante idee stravaganti nascono parlando e confrontandosi con colleghi. Ci sono scienziati piu' o meno ottimisti o scettici, quindi è normale non essere d'accordo tra colleghi o col capo.
Quale potrebbe essere il motivo tecnico che spinge il ricercatore a rivolgersi ad altri laboratori, ad altre strutture?
Quello che hai pensato tu: strumenti specifici, personale tecnico esperto, collaborazioni di ricerca etc. Tutto abbastanza normale.
In quanto all'uso di molecola con brevetto: potrei sbagliarmi non essendo forte in proprietà intellettuale, ma se la molecola puoi comprarla, puoi testarla come ti pare, brevetto o meno. Poi l'uso che ne puoi fare dei dati è un'altra storia..
Come si sceglie un reagente?
In funzione dell'esperimento che vuoi fare ci sono protocolli piu' o meno standardizzati. Si leggono e confrontano le pubblicazioni scientifiche, valutando con esperienza, si parla con il capo, con i colleghi, si prova e si riprova etc
Come si sceglie un colorante?
Per alcuni test, spesso test classici e ben rodati, non hai scelta: hai un protocollo predefinito in cui usi un colorante definito per vedere il tuo risultato. In altri casi (es. fluorescenza) si valuta in base a: capacità dello strumento a disposizione (quali colori riesce a "vedere"), interferenza con altri colori che potresti avere nel campione (es. per vedere un altro target), e reagenti/colori che riesci a trovare sul mercato. Non è che tu abbia una scelta infinita quindi di per sè non è complicato.
Come si sceglie una linea cellulare?
In base alla rilevanza per l'ipotesi che vuoi testare, e quello che ti aspetti di vedere. Ad esempio se il tuo target è nei neuroni, sceglierai una cellula neuronale. Le cellule si comprano, non c'è un'infinità di linee cellulari in commercio, spesso per validare un'idea semplice si usano piu' o meno sempre le stesse, ben conosciute e che crescono bene in lab. Ci si basa sulla letteratura scientifica, l'esperienza del lab, o si creano linee cellulari geneticamente modificate allo scopo di valutare la tua ipotesi o renderle piu' simili alla situazione fisiologica che dovrebbero rappresentare. Spesso ci si scambia linee cellulari tra lab (soprattutto quando è una linea cellulare molto particolare e non disponibile in commercio, puoi chiederla ad un altro lab che ce l'ha o che l'ha sviluppata).
Spero aiuti un minimo, se hai bisogno di qualcos'altro o di specifico sul paper posso cercare di spiegare qualcosa, ho dato un'occhiata molto veloce... |
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Pietro LMA
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 11 ottobre 2022 : 12:56:45
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È affascinante, dal mio punto di vista capire, come sia la forma delle molecole ad essere in molti casi determinante. Sono abituato al disegno tecnico, a parti metalliche che debbono in qualche modo dialogare tra loro. Accorgersi che la natura utilizza un meccanismo simile, anche se applicato nel mondo enormemente più ricco di alternative qual è quello degli organismi viventi, rende meno lontane cellule e molecole.
Ringrazio sofychan per esser prolissa. In un mondo di messaggi brevi in certi casi se ne sente la mancanza.
Far leggere anche solo una parte di un racconto ad un esperto è un passaggio a volte necessario. La mia difficoltà nasce proprio dal fatto che non ho ancora qualcosa di definito. Debbo creare un vissuto che non ho.
Ad esempio solo adesso mi è chiaro che una linea cellulare può esser scambiata tra laboratori, che la si può modificare se serve, che si può anche decidere di tenere in cultura delle cellule per bisogni futuri.
Questo mi permette di far dire ad uno del gruppo:
• Antonio (l’economo, il responsabile, quello che gestisce fondi...) sarà contenuto. le SH-SY5Y le abbiamo già. Anzi siamo diventati bravissimi a mantenerle vive, a conservarle...
Oppure
• Bisogna comprarle di nuovo (La guarnizione rotta del frigo), (I parametri sbagliati), (La perdita di co2) le ha fatte morire.
Oppure
• Preferisco le (nome di una azienda produttrice fittizia) sopravvivono di più e non ci obbliga a tenerle sotto stretto controllo.
Sono plausibili?
I ricercatori del mio ipotetico gruppo avrebbero potuto così discutere: (dopo aver scelto di studiare la nuova molecola... )
• La molecola potrebbe agire impedendo l’apertura del poro ... (Avevo tradotto con foro, che è un sostantivo diverso anche se il senso finale è lo stesso. Se ho ben capito il poro in questione permette il passaggio di cose che non dovrebbero uscire, come se la protezione offerta dalla membrana fosse venuta meno.)
Questa è l’ipotesi corretta. La letteratura suggerisce che i neuroni possono morire in quel modo, quindi è una reale possibilità.
(Nella pubblicazione non c’è traccia di eventuali difficoltà incontrate nella sua verifica. Non so se questo significa qualcosa. Può anche darsi che le eventuali complicazione tecniche siano sempre in secondo piano rispetto ai risultati per cui non si riportano. Sotto questo punto di vista le pubblicazioni sembrano del tutto equivalenti tra loro.)
• La molecola potrebbe impedire che la molecola passi da G0 a G1. (Sono diventato bravo. Ho fatto una ricerca sui diversi modi in cui un neurone può morire e questo mi è sembrato particolarmente adatto ad essere descritto. Il neurone per sua natura non si divide. Quindi se per qualche motivo inizia il processo che porta una cellula dividersi, si trova in difficoltà è muore. Una descrizione del processo che non mi farà superare un esame ma se è, in linea di massima, corretta è per me sufficiente.)
L’ipotesi potrebbe essere sostenuta da altri del gruppo e poi abbandonata.
Perché? È di difficile verifica, ci sono altri lavori che la sconfessano... non convince il capo. (A proposito in genere chi è il capo? Un docente, un direttore di dipartimento, un ricercatore particolarmente bravo...) È plausibile discutere di questa alternativa o è troppo lontana dalla realtà?
Quali di queste tecniche è più suscettibile di costi maggiori, attrezzature migliori, tecnici specializzati...
• Citometria a flusso.
• Western blot.
• ELISA.
• Trascrizione inversa (RT)-PCR.
Sono utilizzati nella pubblicazione di riferimento. Non associo niente ad ognuno di esse, tanto potrebbero essere di uso comune e di applicazione immediata tanto essere complesse e delicate.
Spero di sentirmi al più presto illuminato come se un laboratorio di biologia fosse una succursale di casa. Sempre grazie.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2022 : 18:11:34
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Benvenuto su questo forum! 
In effetti non sei il primo "scrittore" che passa di qui in cerca di aiuto/informazioni.
Molto interessante! Anche se in effetti non facile. Ma cerchiamo di aiutarti per quanto possibile.
Ma passiamo al sodo. Premetto che anch'io ho diversi anni di ricerca alle spalle, ma questo non è precisamente il mio campo.
sofychan ti ha già descritto molto bene a grandi linee come funziona ricerca.
Proviamo a passare ai quesiti più specifici.
Lo scambio di idee tra ricercatori, e il caso da te scelto ne è un bellissimo esempio, spesso non avviene tra "pari" nel senso tra persone con le stesse competenze, ma con competenze complementari.
Banalizzo forse un po', ma giusto per fare chiarezza.
Avrai ad es. un fisico che studia l'interazione delle molecole e fa ad es. un lavoro come quello descritto da sofychan all'inizio e propone una serie di molecole. Poi arriva il chimico che guarda le molecole proposte dal fisico e si rende conto che alcune (in genere quelle che sembrano più promettenti) non vanno bene ad es. perchè non sono solubili e magari propone altre modifiche per ottimizzarle. Poi passano le molecole al biologo che le testa sulle cellule ma alcune non vanno bene perchè sono tossiche per le cellule. Poi si trovano delle molecole che sulle cellule sembrano funzionare, ma passo al modello animale e ad es. la molecola che sembrava la migliore non funziona perchè non riesce ad arrivare nel punto dove dovrebbe agire.
Insomma questo è un po' quello che succede.
Quindi un discorso più che sull'avere già le cellule o sul comprarle dalla ditta A o B è su come integrare le varie competenze. Lo so è più complicato da impostare come dialogo.
Citazione:
Messaggio inserito da Pietro LMA
Ad esempio solo adesso mi è chiaro che una linea cellulare può esser scambiata tra laboratori, che la si può modificare se serve, che si può anche decidere di tenere in cultura delle cellule per bisogni futuri.
Questo mi permette di far dire ad uno del gruppo:
• Antonio (l’economo, il responsabile, quello che gestisce fondi...) sarà contenuto. le SH-SY5Y le abbiamo già. Anzi siamo diventati bravissimi a mantenerle vive, a conservarle...
no questo è troppo banale! Puoi dire che "abbiamo già le cellule", ma non che "siamo capaci di maneggiarle" perchè è una cosa che un biologo cellulare sa fare, magari ci sono delle cellule più complicate di altre, ma in genere ci si riesce senza troppi problemi. Queste poi sono linee cellulari molto usate e ci sono tutti i protocolli su come utilizzarle.
Giusto per farti capire, questo è il link di quelle specifiche cellule (SH-SY5Y) dal fornitore più importante di cellule:
https://www.atcc.org/products/crl-2266
ci sono tutte le specifiche e i protocolli.
Citazione:
Messaggio inserito da Pietro LMA
Oppure
• Bisogna comprarle di nuovo (La guarnizione rotta del frigo), (I parametri sbagliati), (La perdita di co2) le ha fatte morire.
questo (purtroppo  ) può sempre succedere. Ma nello specifico le cellule si conservano in azoto liquido oppure in ultracongelatori a -130°C, quindi puoi avere una perdita nel contenitore di azoto liquido o un guasto del congelatore.
Altra cosa che ti fa perdere le cellule è una contaminazione batterica delle cellule che hai in coltura... ma è difficile che tu non ne abbia un backup congelato.
Citazione:
Messaggio inserito da Pietro LMA
Oppure
• Preferisco le (nome di una azienda produttrice fittizia) sopravvivono di più e non ci obbliga a tenerle sotto stretto controllo.
Sono plausibili?
questo no!
Per quanto riguarda la questione del poro (poro è la parola corretta), non mi sembra che la Selegelina agisca sul poro (da quello che ho letto dall'articolo) ma dato che si tratterebbe di una tua ipotetica molecola va bene come ipotesi.
Ora esistono diversi tipo di "buchi" sulle membrane cellulari, in genere si parla più comunemente di "canali".
Nel caso specifico quello è un "buco" particolare che si chiama "poro di transizione mitocondriale" che viene appunto aperto liberando dei fattori (contenuti nel mitocondrio) che inducono l'apoptosi (morte della cellula).
La molecola potrebbe quindi inibire l'apertura del poro inibendo la morte della cellula.
Citazione:
Messaggio inserito da Pietro LMA
Quali di queste tecniche è più suscettibile di costi maggiori, attrezzature migliori, tecnici specializzati...
• Citometria a flusso.
• Western blot.
• ELISA.
• Trascrizione inversa (RT)-PCR.
Sicuramente la "Citometria a flusso", hai bisogno di un macchinario costoso (citometro a flusso, molto più comunemente chiamato FACS) e bisogna saperlo usare.
Le altre sono tecniche molto di base alla portata di tutti.
Tieni presente però che servono tutte per scopi diversi, quindi non sono interscambiabili.
Sicuramente nel risponderti, mi sono persa un sacco di cose... ma cercherò di ripassare a risolvere altri dubbi.
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sofychan
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101 Messaggi |
Inserito il - 14 ottobre 2022 : 08:14:15
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Alle ultime domande buona parte ti ha risposto GFPina in maniera ottima, aggiungo solo un paio di cose minime, dettagli. Pardon se sono un po' prolissa, ma magari aiuta nel costruire un po' di background
Per il quesito 1, sceglierei:
• Antonio (l’economo, il responsabile, quello che gestisce fondi...) sarà contenuto. le SH-SY5Y le abbiamo già. (Punto).
Come ti ha spiegato GFPina, non ci sono molti supplier da cui comprare le cellule. Le linee di ricerca classiche in genere si comprano da ATCC. Sono, spesso (es. SH-SY5Y), linee immortalizzate, cioè adattate di modo che crescano bene in lab, senza problemi con condizioni standard. Per linee piu’ particolari, di nicchia, primarie, con caratteristiche specifiche, si cercano altri produttori o si scambiano tra lab.
Quando si compra una linea cellulare (o si riceve da un altro lab), ti arriva 1 vial di 1 mL, congelata. Subito dopo, si scongelano le cellule e si “mettono in coltura” per “espanderle” (produrne di piu’). Quando se ne hanno tante, si preparano 10-20 vial di 1 mL e si congelano in una tanica in vapore di azoto liquido; si conservano poi congelate nella tanica, e in questo modo hai uno stock per cui potenzialmente non hai piu’ bisogno di comprarle. Quando serve, si scongela una vial e si mettono le cellule in coltura per gli esperimenti, o per espanderle e produrre altre cellule da congelare per avere piu’ stock.
Mettere in coltura = le cellule crescono in piastre da coltura (flask), con mezzo di coltura, in ambiente sterile, e si mantengono in un incubatore con parametri controllati (37 °C, 5% CO2, e un valore di umidità che non ricordo). Siccome crescono e lo spazio nella flask è limitato, ogni tot giorni bisogna fare un “passaggio” (“splittare le cellule”), cioè prendere un’aliquota di cellule e metterle in una nuova flask, con del nuovo mezzo di coltura. Questo si fa circa 20 volte, poi si buttano via e si scongela un’altra vial. Motivo: piu’ le tieni in coltura e piu’ “invecchiano” e sono potenzialmente un po’ diverse dalle cellule originarie (i.e. quelle congelate). Il frigo si usa solo per conservare il mezzo di coltura.
Bisogna comprare nuove cellule quando:
- Il lab non ha quella linea cellulare in stock
- Lo stock è esaurito/si sta esaurendo (molto improbabile)
- Lo stock è contaminato da micoplasma, perchè le cellule non sono state controllate prima di congelarle (rara noncuranza, ma ci è successo)
- Problema tecnico, e.s. qualcuno si è dimenticato di riempire l’azoto liquido o ha lasciato il coperchio aperto per tempo prolungato (molto raro e molto grave!)
Bisogna mettere nuove cellule in coltura quando:
- Sono “vecchie” (vedi sopra) e servono cellule nuove per gli esperimenti
- Problemi di sterilità, contaminazione (visibile a occhio nudo o micoplasma) – grave, bisogna decontaminare il lab
- Problema tecnico all’incubatore (questo purtroppo puo' succedere): blackout elettrico, contaminazione visibile ad occhio nudo, è finita la CO2 nella bombola, qualcuno ha lasciato la porta dell’incubatore accidentalmente aperta
Quesito 2:
• La molecola potrebbe impedire che la molecola passi da G0 a G1. (...) Una descrizione del processo che non mi farà superare un esame ma se è, in linea di massima, corretta è per me sufficiente.)
L’ipotesi potrebbe essere sostenuta da altri del gruppo e poi abbandonata.
Perché? È di difficile verifica, ci sono altri lavori che la sconfessano... non convince il capo. (A proposito in genere chi è il capo? Un docente, un direttore di dipartimento, un ricercatore particolarmente bravo...) È plausibile discutere di questa alternativa o è troppo lontana dalla realtà?
Non ho conoscenze in materia neurone e divisione cellulare, a naso potrei dire che che potrebbe essere corretto, ma dovrei leggere un po' di piu', perdon. Se ci riesco ripasso a fare un giro.
La scenetta che hai descritto comunque è molto comune. Da me se ne discuteva ai meeting di lab, in genere si portano dati preliminari o di letteratura per cercare di capire perchè si sta andando in quella direzione. Il capo è spesso contro (almeno lo era per me ), diciamo che è bravo a capire velocemente potenziali opportunità e rischi. Il capo di solito è un professore (ordinario o associato) che gestisce un gruppo di ricerca.
Quesito 3: concordo sulla citometria di flusso. Lo strumento è costoso e per mia esperienza si condivide l’accesso tra piu’ lab, o a volte ci sono facility dedicate
• Western blot – relativamente poco costoso. Il macchinario per sviluppare il WB e vedere le bande invece penso sia costoso e di solito si condivide tra lab
• ELISA – poco o molto costoso dipende da che strumento usi.
• Trascrizione inversa (RT)-PCR - poco o relativamente costoso dipende da che strumento usi.
Per mia esperienza, per un uso base nessuna delle tecniche che hai elencato richiede necessariamente tecnici altamente specializzati, ma un buon training si.
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Pietro LMA
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3 Messaggi |
Inserito il - 26 ottobre 2022 : 16:21:44
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Un saluto a tutti.
Grazie al vostro aiuto sono riuscito a far dire delle cose sensate al “mio” gruppo di ricercatori. Quello che mi rimane da scrivere, esco in qualche modo fuori tema, è quali conseguenze avrà, per loro stessi, il buon lavoro fatto.
Quello che ho capito di queste dinamiche si può cosi riassumere:
i risultati di una ricerca vanno pubblicati, e questo sembra essere fuori discussione. Immagino che ci sia una scelta da parte delle società editrici sulla cosa pubblicare o no e che già questo agisca come un filtro sulle ricerche proposte ma quello che non mi è chiaro è in quale ambito avviene, e con quali modalità, (ufficiali e ufficiose) la valutazione che permette ad un ricercatore di ricavare dei vantaggi “pratici” del suo lavoro. Per dirla in termini più semplici, in che modo un ricercatore può avere dei risultati tangibili per i risultati ottenuti?
Agli occhi di un profano sembra evidente che un ricercatore faccia “ricerca”. Ma a tele proposito la rete evidenzia solo la sequenza "ricercatore – professore associato- professore ordinario", come se lo scopo ultimo dell’essere ricercatori debba essere inevitabilmente la docenza. Immagino che questo avvenga solo per una percentuale ridotta, Cosa fanno gli altri? Si può scegliere di essere ricercatori senza avere una cattedra come scopo ultimo?
Leggevo di figure del tipo “ricercatore a tempo indeterminato (anche se si precisava come fosse una figura ad esaurimento) e ricercatori di ruolo. Entrambi fanno pensare a categorie professionali più istituzionali, meglio definite, non legate a scadenze e ad un contratto.
Cosa li distingue dai ricercatori ordinari? Come passano da un argomento di ricerca ad un altro, chi decide per loro? E in generale nel mondo della ricerca accademica ci sono cose analoghe alle gratifiche sullo stipendio, agli scatti di carriera? Ovvero un ricercatore può essere premiato, può essere addirittura “licenziato”?
Sono piuttosto confuso.
Nel mio ipotetico gruppo screbbe molto utile un ricercatore che abbia esperienza, sia più anziano degli altri, che non sia in concorrenza con il resto del gruppo perché non interessato alla carriera accademica. Se è possibile immaginarlo, i buoni risultati per lui in cosa si traducono?
Ho letto di verifica delle attività di didattica e di ricerca ai fini della valutazione annuale e dell’attribuzione della classe stipendiale. Possono essere motivi validi?
Grazie ancora.
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2022 : 17:31:23
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Cerco di risponderti concisamente e senza commenti personali... perchè ci sarebbe molto da dire... ma restiamo sui fatti.
Questo si rifersice alle Università, per altri enti di riceca è diverso:
1) Prima del 2010 esisteva la figura del "Ricercatore a tempo indeterminato" (RU), una figura strutturata in Università il cui compito era primariamente la ricerca e che "poteva" (non aveva obblighi) fare didattica.
Questo poi poteva (non era un obbligo) proseguire la carriera diventando Professore Associato e poi eventualmente anche Professore Ordinario. Ma poteva anche rimanere ricercatore "a vita".
2) con la legge Gelmini del 2010 c'è stata una grandissima riforma del sistema universitario. Tra le altre cose è stata tolta la figura del "Ricercatore a tempo indeterminato" (ovviamente quelli già esistenti hanno proseguito le loro carriere come stabilito in precedenza) ed è stata istituita la figura del "Ricercatore a tempo determinato" (RTD). Fa essenzialmente ricerca, ma ha anche obbligo di docenza. Di questo ne esistono due tipi A e B (RTD-A e RTD-B), ma non scendo nei dettagli. Questa figura è appunto a tempo determinato e dopo un certo numero di anni (massimo 8) "deve" diventare Professore Associato o è fuori dall'Università.
Quindi sostanzialmente è stata tolta la figura del ricercatore "a vita".
Questo risponde alla tua domanda:
Citazione:
Messaggio inserito da Pietro LMA
Agli occhi di un profano sembra evidente che un ricercatore faccia “ricerca”. Ma a tele proposito la rete evidenzia solo la sequenza "ricercatore – professore associato- professore ordinario", come se lo scopo ultimo dell’essere ricercatori debba essere inevitabilmente la docenza. Immagino che questo avvenga solo per una percentuale ridotta, Cosa fanno gli altri? Si può scegliere di essere ricercatori senza avere una cattedra come scopo ultimo?
Ma la storia non finisce qui...
3) con la nuova riforma, fatta nel 2022 dallo scorso governo che è ancora un po' dibattuta è cambiata di nuovo la situazione.
Per farla breve, il "Ricercatore a tempo determinato" (RTD-A e RTD-B) è stato riunito in una figura unica il "Ricercatore a Tempo Determinato in Tenure Track" (RTT) della durata massima di 6 anni, poi anche qui bisogna per forza progredire a professore.
Poi esistono altre figure che fanno ricerca, ai gradini più bassi.
- dopo la laurea puoi fare un "Dottorato di Ricerca" della durata di 3 anni in cui diciamo così ti approcci alla ricerca, inizi a lavorare in un laboratorio e segui anche delle lezioni teoriche. Dovresti occuparti di un "tuo" progetto che ovviamente dipende dal laboratorio in cui sei e da cosa ti viene assegnato dal tuo responsabile.
(N.B. Il responsabile è in genere un Professore Associato o Ordinario, ma puoi anche essere un Ricercatore)
- dopo il dottorato puoi proseguire con un "post-doc", continui a fare ricerca proseguendo il tuo progetto di dottorato o spostandosi su altro... anche qui dipende se rimani nello stesso laboratorio o se cambi.
Ora in Università... fino appunto all'ultima recentissima riforma, per questo c'era la posizione di "Assegnista di Ricerca" della durata di... X anni, non saprei darti un numero preciso perchè con le varie riforme e modifiche alle riforme questo numero è cambiato diverse volte con azzeramento degli anni precedenti... quindi conosco gente che ha fatto anche 12 anni... ma va beh.. diciamo 6 come era prima dell'ultima riforma.
Ora anche questa figura è stata abolita, è stato istituito al suo porto il "Contratto di Ricerca" anche questo un contratto a tempo determinato della durata di.. boh sinceramente non l'ho capito.
Ma va beh... per riassumere molto il percorso è più o meno questo:
Laurea - Dottorato - Post-Doc - Ricercatore - Professore
Ovviamente non tutti arrivano all'ultimo gradino ed escono dal sistema universitario ad uno di questi step, per scelta o causa di forza maggiore.
Spero sia un po' più chiaro.
Come ti dicevo però questo è il sistema Universitario, poi in enti di ricerca, come ad es. il CNR esiste il Ricercatore a tempo indeterminato, penso ci siano diversi gradini come Ricercatore Junior e Senior... ma sinceramente non ti saprei dire nulla di più specifico.
Ora... non so dove sia ambientato il tuo racconto, ma sicuramente la scelta migliore sarebbe ambientarlo in un istituto di ricerca, magari anche che collabora con l'università, ma non in un dipartimento Universitario dove le dinamiche sono molto più complesse.
Inoltre tu all'inizio hai detto questo:
Citazione:
Antonio (l’economo, il responsabile, quello che gestisce fondi...) sarà contenuto. le SH-SY5Y le abbiamo già. Anzi siamo diventati bravissimi a mantenerle vive, a conservarle...
la figura di Antonio ci potrebbe essere in un istituto di ricerca, ma in Università la gestione dei fondi è molto più complicata e bisogna sottostare a tutta una serie di regole. In un istituto di ricerca hai più libertà.
Boh mi sono persa anch'io nel discorso... ma spero di averti chiarito un po' le idee.
Nel caso ci siano altri dubbi, facci sapere. |
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