Per costruire una sonda una sequenza deve essere nota, ma nulla toglie che su una libreria magari le sequenze di DNA clonato sono ignote e il clone di interesse viene rintracciato mediante ibridazione...
Però adesso mi viene in mente per esempio...Io conosco una sequenza in un organismo...Digerisco il genoma di un altro organismo, costruisco una libreria, e voglio cercare una sequenza omologa nella libreria...La sonda la costruisco sulla sequenza dell'organismo che conosco...