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Aaargh
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 Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:03:19
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Alua...
Qui sto parlando dei linfociti B, e dei loro recettori.
Dalla fonte di sapienza qui leggo che ci sono "miliardi di diversi linfociti", il che non può avvenire sotto forma di miliardi di diverse proteine perché non c'è spazio, e vabbé.
Quindi qui dice che c'è una ricombinazione fatta all'origine della produzione di 'ste catene. In particolare dice che ci sono:
> Per le catene L quattro pezzi: L (poi non tradotto, è solo leader trascritto), V, C, J
> Per le catene H cinque pezzi: L, V, C, J e D
Fa quindi l'esempio, e dice che per le catene lambda ci sono quattro geni per le C, una trentina per le V, cinque per le J, il che dà un totale di 450 possibili combinazioni.
Per le catene K invece le C possibili non sono 4, ma è solo una; quindi meno di 450 possibili combinazioni.
In totale, dei "vari miliardi", stiamo a meno di mille.
Poi va a descrivere le mu e le delta (per le H); non dice di preciso quanti diversi geni di V, J, D ci siano per loro, dice solo che ci sono 9 possibili C (che danno poi la specificità per le varie possibili Ig).
Da quanto ho capito quindi ci dovrebbero essere diversi miliardi di combinazioni possibili tra tutti i geni di VH, JH, DH e CH, e già per le CH ci sono "solo" 9 geni. A me matematicamente non torna mica, a meno che VH, JH e DH non abbiano veramente un fottio di geni a disposizione.
Non so se è chiaro cosa intendo...comunque sia, è così che avviene questa differenziazione in "miliardi di tipi possibili" ? Ovvero, in soldoni, ciascuno dei pezzi delle catene (VL, CL, JL; VH, CH, JH, DH; non includo le LL ed LH perché non fanno testo non essendo poi tradotte) può venire fatto da diversi geni (quattro per CL, nove per CH e così via) che si assemblano su per giù a caso, dando origine a 10^9 combinazioni. Right or wrong?
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Poi l'altro problema, un po' più serio. Che diavolo è 'sto switch isotipico? Da quel poco che ho capito in pratica fa produrre più Ig di un certo tipo (ad esempio l'IL-4 fa produrre più IgG ed IgE a partire dalle IgM, l'IFN-gamma fa fare più IgG2a, e via dicendo). Ma come funziona, in parole povere?
Qua fa tutto un casino dicendo che il DNA si ripiega, dice che è un meccanismo di tipo deletivo, e francamente non c'ho capito 'na mazza di come funziona a livello molecolare.
Se sapete dirmi qualcosa su 'sti due argomenti...(riassumendo: in breve come funziona lo switch isotipico, e poi in breve come funziona il riarrangiamento che permette di avere "miliardi" di linfociti diversi).
Thx.
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Aaargh
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:12:22
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Ah un'altra cosa che volevo chiedere poi: come funziona il legame Ig-complemento?
Sui testi trovo scritto continuamente "legame Ig-complemento", ma ci fosse una volta e dico una dove spiega come funziona il legame e cosa succede una volta che le Ig si sono legate =/
Quindi:
> Riguarda solo Ig di membrana o anche le solubili?
> Cosa succede una volta che una proteina del complemento s'è legata alla Ig? |
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Lucaleo
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:18:00
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quella di cui parli tu è la diversità combinatoria, tutto il resto della diversità la ottieni a livello giunzionale con l'aggiunta dei nucleotidi P (complementari all'estremità della hairpin rimasta libera) e P (nucleotidi aggiunti ex-novo da TdT). Questo aggiunge una notevole dose di imprevedibilità del processo ricombinatorio, il quale 2 volte su 3 "toppa" a causa di inserzioni di codoni stop o di scorrimenti della cornice di lettura non uguali o multipli di 3 basi. Aggiungici pure che gli anticorpi vanno incontro al fenomeno della maturazione dell'affinità, che porta ulteriori cambiamenti della sequenza.
Riguardo allo switch isotipico non posso dirti molto di più di quello che già non ti spiega il libro, quindi mi sa che ti conviene sbattere la testa su quello  |
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Lucaleo
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100 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:20:57
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| Le Ig legano il complemento in forma solubile: le IgM e le IgG circolanti legano alcune proteine del complemento con le loro porzioni Fc ed attivano il complemento attraverso la via classica. Le IgA probabilmente possono attivare il complemento attraverso la via alternativa. |
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Aaargh
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14 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 23:28:40
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Ok, molte grazie per le risposte.
Quindi:
> Il "riassemblamento" è accompagnato anche da altre modificazioni a livello delle singole molecole, con editing di pressoché qualsiasi tipo, che spiega il resto delle combinazioni
> Le Ig[sol] attivano il complemento
Mi resta ancora il dubbio su come effettivamente questi complementi attivati agiscano. Sai dirmi mica cosa fanno? Che so, 'ste proteine attivate pigliano e bucano la membrana del batterio, o cosa?
Darò un'occhiata alle vie di attivazione del complemento...oltre a quella classica quante altre devo cercarne? ='( Giusto per avere un'idea di base sa'...
Sullo switch mi basterebbe sapere in linea di massima cosa succede. Per dire, se fosse questo che accade, mi basterebbe sapere "IL 4 si lega ad un recettore di membrana dei linfociti B inducendo una trasduzione che porta un cambio nella produzione delle proteine Ig che verranno espresse in futuro, determinando così nuovi complessi più affini ma con la stessa specificità per l'antigene". Solo che questa qui l'ho sparata io a mo' di deduzione random, mentre a me servirebbe sapere cosa accade realmente xP |
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Lucaleo
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Inserito il - 18 giugno 2011 : 13:00:40
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1)non è un editing pressoché di qualsiasi tipo, ci sono meccanismi specifici preposti a conferire variabilità giunzionale ai geni per i BCR e i TCR. Dopo che RAG1 e RAG2 tagliano il filamento a livello della sinapsi, si formano degli hairpin loop contrapposti. Questi si legano a KU70 e KU80 che reclutano la DNA-PK che recluta ARTEMIS. Artemis taglia gli hairpin in punto casuale e si formano dunque due estremità libere. A questo livello la DNA polimerasi aggiunge nucleotidi complementari (nucleotidi P), inoltre, la TdT aggiunge alle estemità nucleotidi ex novo (nucleotidi N).
2)per quanto riguarda la maturazione dell'affinità, questo è un processo che avviene nei linfoci B, a carico delle IgG già switchate. Avviene nel centro germinativo dopo l'attivazione del linfoB T dipendente. I meccanismi non sono chiari, ma è chiaro il coinvolgimento di AID, una deamminasi coinvolta anche nello switch isotipico. Gli antigeni complessati negli iccosomi delle FDC vengono riconosciuti con maggiore o minore affinità dalla IgG ipermutata e avviene una selezione che favorisce i più affini.
3)Per il complemento ricerca: via classica, via alternativa, via lectinica.
4)Per lo switch isotipico vedrò di essere il più lineare possibile: ora ha il tuo gene con in up-stream i segmenti VDJ e in down-stream i segmenti per la porzione costante. Tali segmenti sono costituiti da una sequenza I (iniziatrice della trascrizione germinativa) una sequenza S (di scambio nella ricombinazione) e da una sequenza C (che codifica per la porzione costante). Quando il linfocitaB viene attivato dal linfocita T CD4 helper (di tipo 1 o di tipo 2), CD40L presente sul T lega CD40 presente sul B. Da qui scaturisce una cascata di trasduzione del segnale che porta all'attivazione di AID e di altri fattori coinvolti nello switch. Al contempo le citochine prodotte dal linfo T interagiscono con i recettori del linfo B. Le citochine possono dirigere differenzialmente il processo di switch verso una specifica catena. Come? Ancora non è chiaro il meccanismo.
Che succese in concreto: si avvia la formazione di un trascritto di RNA detto germinale a livello della sequenza I del segmento mi, la quale giunge fino alla sequenza s della porzione C che ci interessa. L'RNA forma una doppia catena con un filamento di DNA e rimane un filamento libero che forma un ansa detta R. A livello di quest'ansa agisce la AID che deamina le citosine che divengono uracili, la base azotata dell'uracile viene rimossa dall'enzima UNG e si formano spazi in cui può agire una endonucleasi detta APE. Questo processo comporta l'eliminazione del segmento di DNA compreso tra la regione di scambio di mi e la regione di scambio (a valle) della catena da incorporare. Le due regioni di scambio si ricombinano e a questo punto avrai: il segmento VDJ, la regione s ibrida tra mi e un altra regione s dei segmenti C, e il segmento C che verrà incorporato. Avviene la trascrizione, dal trascritto primario viene splicato via la regione s ed ecco il tuo trascritto pronto alla traduzione. |
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