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alexct82
Nuovo Arrivato

Prov.: ct
Citt�: catania

26 Messaggi

Inserito il - 16 ottobre 2008 : 12:53:55

Ciao a tutti..
Ho un quesito da farvi sulla ChIP. Quando dopo il cross-linking della cromatina uso l'anticorpo, questo riconosce anche proteine non direttamente legate al DNA, ma che si assemblano insieme a quelle legate direttamente?
Grazie a chiunque mi potr� aiutare.

Giuliano652
Moderatore

Prov.: Brescia

6941 Messaggi

Inserito il - 16 ottobre 2008 : 13:28:46

L'anticorpo lega indistintamente il suo epitopo, sia se la proteina � legata, sia se non lo �, per� alla fine tu fai un gel per amplificare il DNA, quindi hai selezionato soltanto le proteine legate al DNA durante i vari passaggi (che poi elimini per avere i frammenti di DNA soltanto), quindi, che problema c'�?

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alexct82
Nuovo Arrivato

Prov.: ct
Citt�: catania

26 Messaggi

Inserito il - 17 ottobre 2008 : 12:23:23

No la mia domanda era un altra. Io sto cercando una proteina che reprime la trascrizione legandosi e bloccando un'altra proteina (attivatore), direttamente legata al DNA. Posso evidenziare comunque la proteina repressore?

Giuliano652
Moderatore

Prov.: Brescia

6941 Messaggi

Inserito il - 20 ottobre 2008 : 08:59:37

Con la ChIP vai a vedere solo le parti di DNA legare ad una proteina, quindi se la proteina che ti interessa non � legata in alcun modo al DNA no. Credo per� che si possa provare se la proteina che cerchi lega il DNA tramite un'altra proteina, perch� cos� comunque un insieme di acidi nucleici e proteine ce l'hai comunque. Per� per scrupolo forse farei un controllo con gli anticorpi contro la proteina direttamente legata al DNA giusto per confrontare i risultati