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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
 Inserito il - 21 aprile 2009 : 21:15:36
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Very goood.....grazie  |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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android
Nuovo Arrivato
Città: roma
41 Messaggi |
Inserito il - 22 aprile 2009 : 21:41:43
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Oooooooohhhhh!!! Finalmente un altro "massista" in questo forum
Ho dato un'occhiata di corsa al link e mi sembra ben fatto!!
Già ke ci sono provo a chiederti una cosa (nel caso in cui tu faccia analisi di proteomica):
per caso usi il peptide-prophet contenuto nella trans-proteomic-pipeline x validare i peptidi che identifichi da analisi MSMS??
ciao!!!
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"il risultato può essere casuale, la prestazione no" |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 08:26:19
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Sono contento anche io di incontrare un altro massista!!!
Per rispondere alla tua domanda, si lo usiamo.
Per il database search usiamo il motore the gpm: http://www.thegpm.org
Per il denovo mi sono trovato bene con il pepnovo e tools correlati: http://proteomics.ucsd.edu/Software.html
Ed effettivamente mi sono trovato bene per la validazione con il programma che hai riportato ed in generale con i tool della proteome center: http://www.proteomecenter.org
Devo dire inoltre che sono ottimi anche i tool della proteome commons: https://proteomecommons.org/
Inoltre per aumentare l'efficienza di ionizzazione utilizziamo la nostra sorgente ionica Surface Activated Chemical Ionizationb (SACI) invece dell'ESI: http://www.isbiotechnology.com/saci.html
Abbiamo pubblicato diversi lavori utilizzando questa sorgente (http://www.isbiotechnology.com/applicazioni-saci.html) e devo dire che ci ha dato notevoli soddisfazioni.
Citazione:
Messaggio inserito da android
Oooooooohhhhh!!! Finalmente un altro "massista" in questo forum
Ho dato un'occhiata di corsa al link e mi sembra ben fatto!!
Già ke ci sono provo a chiederti una cosa (nel caso in cui tu faccia analisi di proteomica):
per caso usi il peptide-prophet contenuto nella trans-proteomic-pipeline x validare i peptidi che identifichi da analisi MSMS??
ciao!!!
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti |
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android
Nuovo Arrivato
Città: roma
41 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 23:55:31
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ehm ehm...dopo una breve occhiata alle tue pubblicazioni e a quello che fate nel vostro lab diciamo che mi ri-definisco "aspirante massista"...ho appena finito la laurea specialistica in biotech e non so perchè pensavo fossi più o meno sul mio stesso piano
grazie per il tuo parere sul TPP...sarò più motivato ad ottimizzare la procedura e si anche io pensavo di partire da ricerca con x!tandem.
x la sorgente SACI ti dico cosa ne penso appena avrò tempo di leggere un vostro articolo a riguardo.
ah un'ultima curiosità: come fate ad eseguire analisi di Ion Imaging senza avere un MALDI?
spero non sia una domanda stupida |
"il risultato può essere casuale, la prestazione no" |
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Spettrometria di massa
