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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
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byo_gio
Nuovo Arrivato
Prov.: MI
Città: Milano
66 Messaggi |
 Inserito il - 20 aprile 2009 : 17:57:12
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hmm, intendi... facendo una biopsia e identificando i livelli di proteine tumorali presenti?
possibile...
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2009 : 18:02:59
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Diciamo che forse ci dovrebbe essere una terza opzione un po' più "moderata"...
Sicuramente si arriverà a farli funzionare, il problema che io vedo sono i costi piuttosto alti, per quella che alla fine dovrebbe essere un'analisi di routine. |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2009 : 22:16:11
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Non esattamente il discorso è molto più ampio.
La spettrometria di massa è una tecnica molto versatile in grado di analizzare molecole diverse aventi differenti caratteristiche chimico fisiche non solo le proteine.
In tal senso si potrebbe analizzare ad esempio il profilo dei metaboliti presenti nel sangue di individui di controllo e malati cercando di trovare nuovi biomarcatori differenzialmente espressi.
Citazione:
Messaggio inserito da byo_gio
hmm, intendi... facendo una biopsia e identificando i livelli di proteine tumorali presenti?
possibile...
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2009 : 22:27:59
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I costi sono molto diminuiti rispetto al passato e i vantaggi in termini di selettività, specificità e accuratezza e precisione quantitativa sono notevoli.
Oggi si può acquistare uno spettrometro idoneo a compiere lo screneening di molte patologie a circa 250000 €.
Considera che, per uno strumento che esegue analisi cliniche di routine in un settore di interesse, questo costo si ammortizza in poco tempo.
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Diciamo che forse ci dovrebbe essere una terza opzione un po' più "moderata"...
Sicuramente si arriverà a farli funzionare, il problema che io vedo sono i costi piuttosto alti, per quella che alla fine dovrebbe essere un'analisi di routine.
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2009 : 22:28:17
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Citazione:
In tal senso si potrebbe analizzare ad esempio il profilo dei metaboliti presenti nel sangue di individui di controllo e malati cercando di trovare nuovi biomarcatori differenzialmente espressi.
Ok, in questo caso ti do ragione, ma per la diagnosi precoce la vedo ancora dura (almeno oggigiorno). |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 20 aprile 2009 : 22:32:16
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Io penso che tutti i tentativi fatti non sono andati a buon fine poichè i metodi di elaborazione analisi non sono idonei.
La PCA e la cluster analysis non sono i metodi giusti.
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Citazione:
In tal senso si potrebbe analizzare ad esempio il profilo dei metaboliti presenti nel sangue di individui di controllo e malati cercando di trovare nuovi biomarcatori differenzialmente espressi.
Ok, in questo caso ti do ragione, ma per la diagnosi precoce la vedo ancora dura (almeno oggigiorno).
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti |
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Ra1D
Utente Junior
Prov.: Bergamo
Città: Treviglio
174 Messaggi |
Inserito il - 21 aprile 2009 : 21:36:20
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Citazione:
Messaggio inserito da simcrist
Io penso che tutti i tentativi fatti non sono andati a buon fine poichè i metodi di elaborazione analisi non sono idonei.
La PCA e la cluster analysis non sono i metodi giusti.
Si può essere ottimisti e dire che tutti i tentativi fatti fin'ora non sono andati a buon fine, ma per il futuro credo sia possibile.
Il problema più che dei metodi d'elaborazione è dell'obiettivo per cui vengono usati. PCA e clustering vanno bene in quanto metodi di statistica descrittiva, non predittiva, quindi se li vogliamo applicare in termini di diagnosi-predizione concordo che siano i metodi sbagliati.
Per ridurre la complessità dei dati o per interpretarli invece sono applicabili, anche in spettrometria, a patto che si sappia quali dati scegliere, come pre-processarli e come normalizzarli (che è poi la parte più complicata ma pure più interessante  ). |
...e vicinissimo al mio sapere si accampa la tenebra della mia ignoranza... |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 22 aprile 2009 : 19:14:28
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Concordo pienamente sul fatto che i dati devono essere trattati nel modo corretto e che l'esperimeto deve essere studiato ad-hoc per l'ottenimento dei dati giusti da processare.
Citazione:
Messaggio inserito da Ra1D
Citazione:
Messaggio inserito da simcrist
Io penso che tutti i tentativi fatti non sono andati a buon fine poichè i metodi di elaborazione analisi non sono idonei.
La PCA e la cluster analysis non sono i metodi giusti.
Si può essere ottimisti e dire che tutti i tentativi fatti fin'ora non sono andati a buon fine, ma per il futuro credo sia possibile.
Il problema più che dei metodi d'elaborazione è dell'obiettivo per cui vengono usati. PCA e clustering vanno bene in quanto metodi di statistica descrittiva, non predittiva, quindi se li vogliamo applicare in termini di diagnosi-predizione concordo che siano i metodi sbagliati.
Per ridurre la complessità dei dati o per interpretarli invece sono applicabili, anche in spettrometria, a patto che si sappia quali dati scegliere, come pre-processarli e come normalizzarli (che è poi la parte più complicata ma pure più interessante ).
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
laboratori analisi chimiche
Analisi sostanze stupefacenti |
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android
Nuovo Arrivato
Città: roma
41 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 00:00:41
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Confermo che la strategia di analisi dei dati sia un aspetto cruciale, vista l'enorme mole di informazioni ottenute da una singola analisi.
Non mi sento di esprimere un giudizio cosi drastico riguardo PCA e cluster analysis, anche se non escludo assolutamente che possano esistere approcci migliori.
COmunque sono molto ottimista per il futuro...per tutte le ragioni che diceva simcrist
Citazione:
I costi sono molto diminuiti rispetto al passato e i vantaggi in termini di selettività, specificità e accuratezza e precisione quantitativa sono notevoli.
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"il risultato può essere casuale, la prestazione no" |
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 08:15:36
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Si deve considerare inoltre il fatto che il numero di analiti analizzabili è enormemente aumentato all'immissione sul mercato a prezzi ragionevoli degli spettrometri ad alta risoluzione ed accuratezza di massa.
Citazione:
Messaggio inserito da android
Confermo che la strategia di analisi dei dati sia un aspetto cruciale, vista l'enorme mole di informazioni ottenute da una singola analisi.
Non mi sento di esprimere un giudizio cosi drastico riguardo PCA e cluster analysis, anche se non escludo assolutamente che possano esistere approcci migliori.
COmunque sono molto ottimista per il futuro...per tutte le ragioni che diceva simcrist
Citazione:
I costi sono molto diminuiti rispetto al passato e i vantaggi in termini di selettività, specificità e accuratezza e precisione quantitativa sono notevoli.
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Dr.Simone Cristoni
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 08:36:31
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Però scusatemi state parlando di ricerca o di applicazione pratica in ospedale?
Cioè se ti arrivano diciamo 30 pazienti al giorno a fare uno screening, quanto viene a costare all'ospedale? E in quanto tempo si hanno i risultati?
Non ho mai fatto una MS quindi non ho idea precisa dei tempi/costi, ma pensavo fossero abbastanza alti (probabilmente mi sbaglio) |
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android
Nuovo Arrivato
Città: roma
41 Messaggi |
Inserito il - 23 aprile 2009 : 19:20:14
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I costi sono abbastanza elevati x comprare lo strumento, ma devi considerare che poi viene utilizzato per n anni e non richiede assolutamente grandi spese di reagenti.
x i tempi dipende dallo strumento e dal trattamento che si intende fare al campione: andiamo dai 10-20 secondi con un'analisi "secca" al MALDI ai tempi di una corsa cromatografica x gli ESI(anche se potrebbe non essere necessaria).
Comunque il grande vantaggio sta nell'introdurre la massa dove i metodi tradizionali non possono arrivare:
ad es. analisi contemporanea dei profili di una serie di marcatori anziche uno, siano essi proteine, peptidi o metaboliti;
analisi dei prodotti di degradazione di alcuni enzimi
analisi di marcatori presenti in concentrazioni molto basse (si arriva a livello di femtomoli)
Non dico che non ci siano problemi ancora da risolvere, ma io rimango ottimista per il futuro |
"il risultato può essere casuale, la prestazione no" |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2009 : 01:54:42
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Il problema non è la tecnica della spettrometria di massa, ma la possibilità
di trovare marcatori molecolari DOSABILI (leggesi: nel sangue o nelle urine
o in campioni accessibili) sufficientemente predittivi.
Poi puoi usare la tecnica che vuoi, ma lì ti voglio
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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simcrist
Nuovo Arrivato
Prov.: Milano
Città: Milano
62 Messaggi |
Inserito il - 24 aprile 2009 : 18:04:25
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Sono d'accordo. In ogni caso sul puoi usare la tecnica che voi ho seri dubbi. Citami un altra tecnologia che abbia la stessa selettività ed accuratezza identificativa (elementi chiave per il Biomarker Discovery) della spettrometria di massa.
Citazione:
Messaggio inserito da Dionysos
Il problema non è la tecnica della spettrometria di massa, ma la possibilità
di trovare marcatori molecolari DOSABILI (leggesi: nel sangue o nelle urine
o in campioni accessibili) sufficientemente predittivi.
Poi puoi usare la tecnica che vuoi, ma lì ti voglio
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Dr.Simone Cristoni
ISB srl
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 25 aprile 2009 : 00:13:13
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Qualsiasi saggio molecolare, una volta adeguatamente ottimizzato.
Certamente la MS ha vantaggi enormi nell'accuratezza, ma non per
questo rappresenta in modo esclusivo "il futuro". Rappresenta una
opzione molto conveniente per determinati tipi di molecole che siano
sufficientemente rappresentate (dato che non può amplificare alcunché...) |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
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Discussione |
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Spettrometria di massa e diagnosi precoce tumori
Didattica e Relazioni
