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Discussione |
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
 Inserito il - 13 ottobre 2009 : 17:10:28
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salve ragazzi, c'è qualcuno che ha a che fare con modelli murini condizionali tessuto-specifici?
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 13 ottobre 2009 : 17:26:38
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| SI! |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2009 : 10:31:51
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| qualcuno usa il MyoD-cre? io sto avendo dei problemi, nel senso che il sistema è molto variabile. non tutti i topi hanno una ricombinazione efficiente da avere un effetto. che mi dite? |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2009 : 12:10:27
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sei un po' troppo vago per poterti dire qualcosa di utile.
Basalmente dovresti già sapere che la ricombinazione non è mai presente nel 100% delle cellule per una variabilità naturale dei topi transgenici la cui espressione di Cre può essere diversa o potrebbe non essere accessibile i siti lox genomici target della Cre. Per cui può capitare che ci sia un certo mosaicismo nella ricombinazione.
Per aiutarti meglio sarebbe necessario chiederti
Si tratta di un topo condizionato farmacologicamente? qual è il gene target? le distanze tra i siti loxP ? Come calcoli l'efficienza di ricombinazione? La variabilità è solo interindividuo o anche intraindividuo ? La % di ricombinazione eterozigote rispetto a quella omozigote com'è? Il fenotipo che vedi è misurato con un valore parametrico o non-parametrico? Hai provato con l'immunoistochimica o l'X-Gal per valutare la ricombinazione? Questo topo che hai è già stato utilizzato in pubblicazioni precedenti e come si sono trovati gli autori? etc
In questo modo, con un'idea più chiara ti potrei scrivere qualcosa di più sensato e meno generico.
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2009 : 12:59:52
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si, a parte la teoria che la conosco abbastanza bene, quello che vi chiedo è semplicemente:
usando un topo MyoD-cre per fare un ko muscolo specifico, che impressione avete avuto? siete soddisfatti del risultato rispetto alla vostra ipotesi?
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 15 ottobre 2009 : 16:33:30
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Io non utilizzo i MyoD-cre, ma ho altri Cre "tessuto specifici", quindi non posso risponderti per i tuoi MyoD-cre ma in generale sui Cre.
Ho diverse linee di Cre generate nello stesso modo, il promotore sotto cui si trova Cre è lo stesso e "dovrebbero" essere uguali, questo "in teoria".
In realtà per i miei esperimenti sto utilizzando 2 linee e ti posso dire che di una sono soddisfatta, incrociata con i miei topi Flox mi dà excisione del gene Floxed nel mio tessuto come aspettato e la percentuale di ricombinazione è buona.
L'altra linea invece non funziona affatto come aspettato, la ricombinazione nel mio tessuto è scarsa, in compenso ho una buona percentuale di ricombinazione "aspecifica" (?) in un altro tessuto.
Quindi dovessi tirare le conclusioni e rispondere alla tua domanda:
Citazione:
siete soddisfatti del risultato rispetto alla vostra ipotesi?
per la prima linea direi di si, mentre per la seconda direi di no!
Poi in realtà non è mai tutto bianco o tutto nero, la seconda linea da un certo punto di vista è interessante, avvalora l'ipotesi che la proteina ritenuta "tessuto specifica" (quella da cui deriva il promotore sotto cui si trova Cre) sia in realtà espressa anche in questo altro tessuto.
Quindi se tu non sei soddisfatto di quei topi MyoD-Cre dovresti innanzitutto vedere in letteratura cosa è stato pubblicato su questi topi e che risultati hanno ottenuto. E nel caso contattare qualcun altro che abbia pubblicato su questi topi Cre o chi ha generato questi topi Cre. (premetto che io di questi topi Cre non so assolutamente niente, non so neanche se siano distribuiti commercialmente, ma non essendo topi che mi interessano non ho neanche controllato)
Mi spiace non poterti dire altro.
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 ottobre 2009 : 22:52:02
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Non posso che quotare GFPina.
Neanche io ho usato MyoD-Cre, ad ogni modo mi è capitato di usare diverse linee di topi Cre con lo stesso promotore e non erano tutte identiche come dovrebbero essere in teoria. |
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