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fabdipi
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
 Inserito il - 01 giugno 2006 : 13:06:51
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Qualcuno sa come si progettano dei primer per pcr in modo abbastanza dettagliato?
Grazie
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 01 giugno 2006 : 13:24:34
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Beh, e' un discorso piuttosto lungo... vuoi sapere qualcosa in particolare?
Questa pagina potrebbe esserti di aiuto.
Inoltre ti consiglio Primer 3 (www.cgi" target="_blank">http://frodo.wi.mit.edu/cgi-bin/primer3/primer3_www.cgi) per trovare le sequenze. (al solito... il forum impazzisce inserendo l'indirizzo di primer3!)
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fabdipi
Nuovo Arrivato
35 Messaggi |
Inserito il - 02 giugno 2006 : 11:46:38
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| grazie per la risposta.Cerco però qualcosa di piu dettagliato cioè la progettazione vera e propria.Mi spiego meglio.Vorrei sapere come si fanno a scegliere le sequenze,a progettarle a capire se sono quelle giuste..ecc.. cioe tutti i passaggi da effettuare..Grazie |
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fraulan
Nuovo Arrivato
Prov.: Ferrara
Città: Ferrara
25 Messaggi |
Inserito il - 02 giugno 2006 : 18:25:43
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Quando devi prepararti una serie di primers di solito (io almeno faccio cosi`) puoi sfruttare PubMed.
Se vai nella sezione dedicata ai geni e inserisci il nome del gene che ti interessa, girando un po' per i links che ti vengono proposti, arrivi ad avere sia la sequenza del gene intero (esoni e introni) sia la sequenza del trascritto (solo esoni) e, se sei fortunato, anche le sequenze dei vari splicing alternativi.
Fatto questo, selezioni la sequenza che ti interessa e poi, con un po' di prove, primer 3 ti fornisce varie coppie di primers fra cui puoi scegliere. Io personalmente mi preparo sempre circa 4-5 coppie diverse di primers e poi le testo per vedere qual e` la quella che fa al caso mio.
Spero di esserti stata d'aiuto.
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Saluti dalla Ohio State University!! |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 04 giugno 2006 : 10:10:09
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Prova a vedere se qui: http://apollo11.isto.unibo.it/lab/3_primers.htm
trovi le risposte che ti servono!
Dopo averli disegnati io faccio senpre un blast sia dei primers che della sequenza amplificata per assicurarmi che siano specifici. |
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progettazione primer
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