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caramella
Utente Junior
127 Messaggi |
 Inserito il - 01 giugno 2010 : 22:46:04
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Ragazzi ho un problema, che non ho trovato in nessuna guida di troubleshooting..
Sequenziando diverse specie e diverse popolazioni all'interno di una specie (in totale ho sequenziato 8 campioni), ho avuto questo strano risultato: le sequenze sembrano di una qualità impeccabile. Quando però creo il consensus, ho dei mismatch.. Questi mismatch sono distribuiti lungo tutta la sequenza e sono uguali in tutti i campioni  . Spiegandomi meglio: con il forward primer ottengo sempre la stessa sequenza, che ha quella decina di basi diverse dalla sequenza che ottengo con il reverse primer..
Questa cosa ha dell'incredibile perché ho generato centinaia di sequenze senza mai avere questo problema..
Cosa può essere? contaminazione? Un problema della macchina (ABI 3130)? Errore della Taq? Mi sembrano tutte strane queste ipotesi, dato che le sequenze sembrano perfette, solo quanto creo il consensus viene fuori che alcune basi sono diverse tra F e R..
Aiuto!!!
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Sequenziamento
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