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jeje
Nuovo Arrivato
52 Messaggi |
 Inserito il - 19 luglio 2010 : 15:20:35
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ciao a tutti ,mi sapete dire come faccio a discriminare nella sequenza mRNA esoni da introni?volendo disegnare primer che stiano a cavallo tra i due?
io uso NCBI--nucleotide manon mi fornisce una posizione precisa degli introni..
grazie mille
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darkene
Utente Junior
291 Messaggi |
Inserito il - 26 luglio 2010 : 12:47:18
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se guardi un mRNA non troverai mai gli introni. quelli li trovi se cerchi il gene, quindi sul genomico. ti consiglio di andare su ensembl che è più facile.
ciao |
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jeje
Nuovo Arrivato
52 Messaggi |
Inserito il - 28 luglio 2010 : 15:26:35
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| pensavo fosse mrna immaturo.. |
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jeje
Nuovo Arrivato
52 Messaggi |
Inserito il - 28 luglio 2010 : 15:35:37
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| ok ho capito grazie |
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cami
Utente Junior
Città: roma
136 Messaggi |
Inserito il - 02 agosto 2010 : 12:22:22
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se cerchi su NCBI nucleotide dovresti vedere la sequenza del gene, non dell'mRNA, in quel caso vengono indicati anche gli esoni...  |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 02 agosto 2010 : 12:33:42
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Citazione:
Messaggio inserito da cami
se cerchi su NCBI nucleotide dovresti vedere la sequenza del gene, non dell'mRNA, in quel caso vengono indicati anche gli esoni...
Su NCBI nucleotide hai le sequenze "nucleoticdiche" quindi sia di DNA che di RNA, dipende poi da cosa selezioni:
- se selezioni una sequenza con scritto "genomic" sarà la sequenza del DNA genomico
- se selezioni "mRNA" sarà appunto la sequenza dell'mRNA |
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Manolis
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 22 agosto 2010 : 19:42:20
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io ti consiglio "genome browser" trovi la genomic sequence e di là puoi filtrare per avere tutti gli esoni con una parte intronica... è molto carino!
CiaoM
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Manolis
Nuovo Arrivato
16 Messaggi |
Inserito il - 23 agosto 2010 : 10:11:56
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poi nello stesso sito puoi fare un blast per vedere se i tuoi primer sono univoci (blast) e se vuoi usa anche "https://ngrl.manchester.ac.uk/SNPCheckV2/snpcheck.htm" per vedere se si allineano in una regione dove ci sono snp... quindi problemi :-)
ciaoM |
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disegnare primers
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