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Francuzz
Nuovo Arrivato

18 Messaggi

Inserito il - 02 settembre 2010 : 09:26:21

Salve ragazzi,qualcuno può darmi qualche dritta sulla ricerca di SNPs ad esempio: a me servirebbero gli SNPs nella regione del promotore di un gene, potete indicarmi come si fa? Cioè come faccio ad individuare gli SNPs che ricadono in quella regione e poi come si fa ad individuare il promotore di un gene? Grazie a tutti :D e scusate l'ignoranza, ma è il mio primo approccio

Manolis
Nuovo Arrivato

16 Messaggi

Inserito il - 04 settembre 2010 : 14:41:31

per i snps puoi usare NCBI SNPs o Blast SNPs...

nel primo metti il gene e vengono fuori... nel secondo metti la sequenza e ti tira fuori tutti i snp descritti su questa sequenza

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi

Per i promotori puoi fare una ricerca degli elementi che si legano e di conseguenza identificare in circa dove è!

http://www.genomatix.de/cgi-bin/sessions/login.pl?s=ab98cb2de7b99b928c4e8efff6fdd336
in questo sito chiedi un free trial e lo usi per fare le tue ricerche di promotori

http://www.cisred.org/human9/ un altro sito molto buono

comunque devi fare una ricerca in Pubmed per vedere se è già descritto il promotore di tuo interesse...

di solito si trovano a monte del 5'UTR... ma non è sempre una regola!

Francuzz
Nuovo Arrivato

18 Messaggi

Inserito il - 04 settembre 2010 : 17:16:13

grazie Manolis, me li spulcerò tutti :D

Non ci sono cose che si devono o non si devono fare, ma solo cose che andavano o non andavano fatte (F. De Chiara)