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luxlucis
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 23 novembre 2011 : 16:43:36
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Ciao
Dovrei ricercare la sequenza promoter di un gene, per inserirla in un plasmide reporter con GFP. Il promotore del gene non e` descritto in letteratura. Quali sono gli steps da seguire, qualcuno puo` aiutarmi?
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roberta.s
Utente Junior
Città: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:05:47
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| YPA.csbb.ntu.edu |
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luxlucis
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:06:43
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| grazie |
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roberta.s
Utente Junior
Città: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:08:13
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per lieviti. se ci dici il gene in che specie è, magari possiamo aiutarti meglio.
ti suggerisco comunque di cercare su pubmed le pubblicazioni inerenti a database/software per la ricerca di promotori. ce ne sono a morire, e l'articolo ti aiuterà nel loro utilizzo |
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luxlucis
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:15:59
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| Il promotore gel gene non e` ancora stato pubblicato. Il gene e' il seguente: NM_002033.3 |
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roberta.s
Utente Junior
Città: Parigi
564 Messaggi |
Inserito il - 23 novembre 2011 : 17:28:42
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Quindi è in H.sapiens. Allora ti consiglio appunto di cercare su pubmed un databae per promotori umani.
In alternativa credo che tu possa amplificare circa 1kb-1.5kb a monte del tuo gene, clonare nel vettore e provare ad esprimere. 1kb è solitamente sufficiente, ma non so dirti con certezza, soprattutto riguardo l'uomo.
comunque ci sono vari parametri da tenere in considerazione per trovare un promotore: presenza di TATA box, localizzazione intergenica ecc., ma sono sicura che pubmed saprà dirti più di me!
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pokypsi
Nuovo Arrivato
20 Messaggi |
Inserito il - 08 dicembre 2011 : 16:26:44
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prova con gene2porter. Puoi scaricarlo gratis per 2-3 settimane. E in pratica puó cercarti l inizio della trascrizione e un numero di basi prima e dopo...cosi almeno ti puoi fare un´idea della sequenza.
In bocca al lupo |
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