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davidet
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44 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2012 : 19:18:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di davidet Invia a davidet un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Vorrei quantificare i vasi neoformati su matrigel. Avete un'idea di come e' possibile farlo con il software imagej ?
Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2012 : 20:50:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Spiegati meglio, cosa vuoi misurare? Lunghezza, tortuosità, spessore, o cosa?

Vuoi confrontare ciascuna immagine con un'immagine iniziale (es. prima del trattamento) o vuoi solo guardare l'endpoint?

PS: se puoi, inserisci un'immagine di esempio, aiuterà a comprendere meglio il problema.

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davidet
Nuovo Arrivato



44 Messaggi

Inserito il - 11 febbraio 2012 : 21:39:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di davidet Invia a davidet un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
La valutazione che vorrei fare e' misurare la lunghezza dei tubi, quando presenti e formati, oppure dove non totalmente formati la numerosità dei bracci che partono dai cluster cellulari.
Purtroppo ora non ho immagini disponibili, ma la valutazione la farei solamente a tubulofenedi ben formata, quindi all'endpoint.
Grazie
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 12 febbraio 2012 : 11:30:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quello che stai cercando è un algoritmo di segmentazione per trovare i vasi.

La letteratura a riguardo è vasta, e spesso vengono fatti script ad hoc.

Che io sappia, Fiji (una distribuzione di ImageJ) ha un neurite tracer che puoi anche usare per i vasi sanguigni
http://fiji.sc/wiki/index.php/Simple_Neurite_Tracer

Qui trovi invece uno script Matlab:
http://www.vcipl.okstate.edu/localentropy.htm

Puoi anche provare il tracer di Neuronstudio http://research.mssm.edu/cnic/tools-ns.html . E' (ovviamente) fatto per i dendriti ma magari funziona anche con i vasi.

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