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 Next Generation Sequencing: un campo su cui puntare?
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_WS_
Nuovo Arrivato

Ben
Città: Jyvaskyla (FIN)


15 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2013 : 18:05:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di _WS_ Invia a _WS_ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sono laureato in Biologia Evoluzionistica, non certo perchè specializzarmi in questo campo sia lo scopo della mia vita, piuttosto per una serie di ragioni che sarebbe tanto lungo quanto inutile star qui a spiegare (o forse l'ho già fatto in un altro post...)

Adoro stare in lab e lavorare ALLA ricerca dal punto di vista strettamente legato all'uso delle tecniche (molecolari per la precisione). Non ho intenzione di iniziare un dottorato, so che farei la fine di questo pover'uomo: blog.devicerandom.org/2011/02/18/getting-a-life/

Vedo però che molte posizioni aperte per tecnici richiedono esperienza nel campo NGS: pensate che valga la pena tentare di specializzarsi in questa direzione? Cioè nei prossimi 12-18 mesi potrebbe essere davvero un fattore di svolta quello di saper usare questa strumentazione? Tanto da investirci 6-9 mesi in un laboratorio dove imparare senza in cambio chiedere uno stipendio?

Putroppo il mio CdL non mi ha dato alcuna formazione pratica nelle tecniche di laboratorio (ho VISTO fare una PCR una volta...), ma a questo ho sopperito con due internati di tesi di un anno ciascuno in cui almeno ho imparato ad arrangiarmi, seppure nelle cose di base (pcr, elettroforesi, sequenziamento, configurazione di un sequenziatore ABI). Non sono un molecolare d'altra parte. E purtroppo.

Geeko
Utente

Ctenophor1.0

Città: Milano


1043 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2013 : 18:28:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Geeko Invia a Geeko un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non vorrei dare informazioni sbagliate perché ho esperienza pari a zero, ma di solito le tecniche di NGS non vengono applicate da aziende specializzate e non dai comuni lab che le richiedono? Credo che solitamente il costo di queste macchine non giustifica poi l'abbattimento dei costi di sequenziamento negli anni, a meno che un laboratorio non faccia praticamente altro che sequenziare dalla mattina alla sera.


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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2013 : 18:43:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Noi abbiamo una piattaforma in istituto che fa proprio questo.

Citazione:
a meno che un laboratorio non faccia praticamente altro che sequenziare dalla mattina alla sera.

Ne conosco vari ;)

PS: per quanto riguarda la domanda: un campo su cui puntare? Possibilmente, non è assolutamente il mio campo, non mi sento di dare consigli a riguardo.

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Geeko
Utente

Ctenophor1.0

Città: Milano


1043 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2013 : 18:58:34  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Geeko Invia a Geeko un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Beh ottima cosa allora! Ma è diffusa?
Comunque penso che questo settore non possa che crescere viste le tantissime applicazioni che offre.


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_WS_
Nuovo Arrivato

Ben

Città: Jyvaskyla (FIN)


15 Messaggi

Inserito il - 03 gennaio 2013 : 20:21:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di _WS_ Invia a _WS_ un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho visto moltissime posizioni aperte per lab technician che richiedevano, o privilegiavano, conoscenza e dimestichezza con la tecnica di cui parliamo.
Non viene in genere specificato se si parli di sola preparazione dei campioni o anche competenze relative all'uso dei sequenziatori ngs, ma penso che molte universita si stiano proprio dotando dei macchinari
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 05 gennaio 2013 : 16:13:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io ti consiglio caldamente, se ne hai l'opportunità, di lavorare in campo NGS. Sicuro che non dovrai solo sequenziare, chi fa genomica funzionale spesso fa uso a man basse di NGS (e buona parte di bioinformatici e biostatistici ormai non fanno altro che manipolare, impastare, estrapolare, dormire con dati provenienti da NGS). Due miti da, quasi, sfatare:

1- le piattaforme NGS non sono estremamente costose. Da un punto di vista tecnico esistono soluzioni alla portata (che poi queste non possano sfondare per questioni di "cartello" da parte di Roche e amici è un altro discorso).

2- le tecniche NGS sostituiranno la tecnologia microarray (meglio dirlo a bassa voce, ci sono opinioni controverse e ricercatori permalosi )

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 05 gennaio 2013 : 16:29:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
le tecniche NGS sostituiranno la tecnologia microarray (meglio dirlo a bassa voce, ci sono opinioni controverse e ricercatori permalosi


Visto il prezzo attuale direi che i microarray sono praticamente morti (400euro per un RNAseq contro quasi 100 euro per un microarray).

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Selenocisteina
Nuovo Arrivato

lucy



64 Messaggi

Inserito il - 05 gennaio 2013 : 18:34:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Selenocisteina Invia a Selenocisteina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Nella mia università la cosa è molto in voga e da discorsi che ho sentito (da persone preparate in merito) credo che "il futuro" del NGS saranno le applicazioni in campo epigenomico (CHIP-Seq e cose simili). Il presente del NGS credo sia l'RNA-seq o le applicazioni in campo clinico (SNP detection etc etc).
Vedi tu.
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 07 gennaio 2013 : 21:12:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
anche io concordo con Korda, poi al momento qualsiasi cagata con NGS la pubblichi

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