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Tag   esame    università    serin proteasi    voto  Aggiungi Tag

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silvioilbullo
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Inserito il - 22 marzo 2013 : 17:10:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve, non so se è il posto adatto dove chiedere.. ma ci provo..

Come da titolo vorrei capire come posso fare (se posso fare...-.-) per contestare e pretendere che un mio esame scritto venga corretto da un altro professore. Vi spiego.. (o semplicemente contestare delle correzioni da parte del mio professore!)

Esame di ingegneria proteica; scritto, 24 domande a crocette da un punto ciascuna con una sola risposta corretta tra le 3 opzioni.. più due domande aperte da 3 punti ciascuna.
Vi pongo qui due domande incriminate:

Un enzima per il substrato A ha KM=1mM e kcat=1000s-1, mentre per il substrato B ha KM=0,1mM e kcat=10s-1. L’enzima è:
-più specifico per A
-più specifico per B
-non è specifico né per A né per B

e

Nelle seril proteasi il primo prodotto è:
-C term
-N term
-indifferente

Il nostro professore ha considerato corrette le risposte "più specifico per A" e "N terminale"... !!!!! a casa mia le risposte corrette sono "più specifico per B" e "C terminale"!!

Dato che ho preso 28 a questo esame.. sono costretto ad accettare le ingiustizie o posso rivolgermi a qualche specie di sindacati degli studenti ? esistono? cosa posso fare? grazie..-.-

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


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Inserito il - 22 marzo 2013 : 21:01:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sinceramente ti sconsiglio di contestarlo visto che il tuo prof ha ragione in entrambi i casi.

La specificità dell'enzima è proporzionale (in opportune condizioni) a Km/Kcat

Nelle serin proteasi il primo prodotto è l'N-term.
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Serine_protease_mechanism_by_snellios.png

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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 22 marzo 2013 : 22:29:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmmmmm no! il rapporto è l'efficienza di un enzima! la specificità è data solo ed esclusivamente da Km (di fatto è la costante di dissociazione del complesso ES)! tanto è vero che un enzima può essere super specifico per un substrato (bassissima Km) ma essere poco efficiente.. (Kcat/Km comunque basso dato che Kcat non è abbastanza alto) E il primo pezzo della proteina che una serina proteasi va a tagliare è il C terminale della tua proteina...l'istidina protona prima il nuovo N terminale del C terminale della tua proteina..(come si vede nell'immagine che hai postato che ormai so a memoria)e l'intermedio acilico risultante enzima-proteina invece è composto dal moncone N terminale della tua proteina..
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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 22 marzo 2013 : 22:33:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
"The Michaelis constant is the substrate concentration at which the reaction rate is at half-maximum, and is an inverse measure of the substrate's affinity for the enzyme—as a small indicates high affinity" e "The constant is a measure of how efficiently an enzyme converts a substrate into product. It has a theoretical upper limit of 108 – 1010 /M.s; enzymes working close to this, such as fumarase, are termed superefficient"
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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 22 marzo 2013 : 22:55:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
a me il primo prodotto pare proprio l'nterm.


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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


1550 Messaggi

Inserito il - 22 marzo 2013 : 23:07:33  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Kcat/km e' la costante di specificita', anche se misura di fatto l'efficienza.
Posso capire dove vuoi andare a parare ma onestamente terrei il 28 in silenzio.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17433847

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AleXo
Moderatore

OrniAle

Prov.: Estero
Città: San Francisco, California


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Inserito il - 22 marzo 2013 : 23:08:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di AleXo  Invia a AleXo un messaggio AOL Invia a AleXo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
p.s. se non ti andava bene avresti dovuto rifiutare il voto!

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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 22 marzo 2013 : 23:35:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
dal voet

Citazione:
KM is therefore also a measure of the affinity of
the enzyme for its substrate providing k2/k1 is small compared
with KS, that is, k2 < k–1


dal lehninger(inglese quarta edizione alla fine della pagina 205)

Citazione:
When k2 is rate-limiting, k2  k1 and Km reduces to
k1/k1, which is defined as the dissociation constant,
Kd, of the ES complex. Where these conditions hold, Km
does represent a measure of the affinity of the enzyme for its substrate in the ES complex."


stryer(inglese quinta edizione)

Citazione:
"In other words, K M is equal to the dissociation constant of the ES complex if k 2 is much smaller than k-1 . When this
condition is met, K M is a measure of the strength of the ES complex: a high K M indicates weak binding; a low K M indicates strong binding. It must be stressed that K M indicates the affinity of the ES complex only when k -1 is much greater than k 2."


La "specificità" in italiano (e in inglese!!) è una parola diversa da "efficienza" quindi il rapporto tra le costanti non va fatto con la domanda posta così! in ogni caso mercoledì rifaccio l'esame xk tanto terrà il voto migliore.. (odio profondo per le domande a crocetta e per di più ambigue... evviva gli orali lunghi 1 ora e oltre!! unico modo per dare voti pesati sulla bravura di una persona!!!!!!!!!!)
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 23 marzo 2013 : 07:23:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
la "specificità" in italiano (e in inglese!!) è una parola diversa da "efficienza" quindi il rapporto tra le costanti non va fatto con la domanda posta così


Il paper linkato da AleXo (se non hai accesso posso mandarti il PDF) spiega bene perchè si debba usare Km/Kcat (che si chiama "costante di specificità") e non Km o Kcat da sole per misurare la specificità di un enzima su due substrati diversi.

Dal paper:
Citazione:
The ratio k(cat)/K(M)--often referred to as the "specificity constant"--is a useful index for comparing the relative rates of an enzyme acting on alternative, competing substrates.


Citazione:
The term kcat/KM is often used as a specificity constant to compare the relative rates of reaction of each of a pair of substrates, when each is catalytically transformed by an enzyme. This is because, if KM is used on its own as the indicator of specificity, the effect of the ‘better’ substrate will be strongly manifested mainly at values of [S]/KM << 1. As [S]/KM increases above this value, kcat becomes the parameter that best describes the better substrate. This dichotomy is resolved by using kcat/KM as a specificity constant.


Nota che il paper continua mostrando che, nonostante Kcat/Km sia un buon metodo per comparare la specificità di due substrati sullo stesso enzima non è un buon metodo per comparare due enzimi che agiscono sullo stesso substrato.


PS: Lo so che al momento il voto di un esame ti può sembrare la cosa più importante su Terra (non che 28 sia un brutto voto...), ma ti assicuro che qualche mese dopo la laurea già ti sarai dimenticato di che voti hai preso, di che esami erano orali, scritti, a crocette etc.
Fortunatamente ci sono cose più importanti nella vita.

Ma probabilmente ti parlo così perchè i giorni dell'uni sono ben lontani

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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 23 marzo 2013 : 09:13:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
il paper non riesco ad aprirlo.. vedo solo l'abstract..
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Caffey
Utente Attivo

ZEBOV

Città: Perugia


1496 Messaggi

Inserito il - 23 marzo 2013 : 09:28:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Caffey Invia a Caffey un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Secondo e sarebbe molto più produttivo chiedere un colloquio con il professore e cortesemente porgli i tuoi dubbi, per vedere come spiega la sua correzione e magari ti chiarisce ulteriormente le idee.

[...] Hunc igitur terrorem animi tenebrasque necessest
non radii solis neque lucida tela diei
discutiant, sed naturae species ratioque. [...]

Titus Lucretius Carus
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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 23 marzo 2013 : 09:44:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
già chiesto ovviamente.. ma finchè tutta la classe non fa questo primo esame non mi mostra il mio esame (eh si... capite l'intelligenza della cosa.. il professore propone lo stesso identico scritto a crocette a tutti gli studenti che lo provano per la prima volta.. che ovviamente si sono imparati le risposte a memoria e si prendono il loro 30 senza manco studiare.. mentre c'è chi come me lo fa al primo appello e se lo prende in quel posto.. aggiungiamo il fatto che questo esame farà media con un altro esame .. anche questo a crocette 4 opzioni, con 4 possibili risposte sbagliate fino a 4 possibili risposte esatte... anche li "quali PTM alterano il pI di una proteina? -carbonilazione -glicosilazione -fosforilazione -ramificazione .. per il prof la Glicosilazione è sbagliata..-.- almeno al prossimo appello questo sarà a risposte aperte... )

e cmq da questa frase
Citazione:

"The term kcat/KM is often used as a specificity constant to compare the relative rates of reaction of each of a pair of substrates, when each is catalytically transformed by an enzyme. This is because, if KM is used on its own as the indicator of specificity, the effect of the ‘better’ substrate will be strongly manifested mainly at values of [S]/KM << 1. As [S]/KM increases above this value, kcat becomes the parameter that best describes the better substrate. This dichotomy is resolved by using kcat/KM as a specificity constant."


si può capire che in cinetica di primo ordine, cioè S/Km < 1 Km è sempre una costante di specificità mentre in saturazione cioè ordine zero vale Kcat/Km... quindi anche considerando questa cosa ci manca il dato della concentrazione di S per rispondere alla domanda..
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ipa
Nuovo Arrivato



67 Messaggi

Inserito il - 30 marzo 2013 : 02:50:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ipa Invia a ipa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi ricordo che ad un'esame un prof mi considerò sbagliata una risposta.Lui a lezione aveva detto il contrario di quello che era in realtà.Sul libro infatti c'era scritto così e io, pensando fosse sbagliato il libro, mi cercai l'articolo originale. Quando andai per fargli vedere il compito gli feci leggere la frase del libro...poi l'articolo...alla fine mi rispose "ma lei che ci viene a fare a lezione se poi non segue quello che dico io????"...non ci volevo credere...Gli risposi "beh...non tengo conto se lei dice cose sbagliate!!!Ovviamente gli risposi perchè di certo non volevo fare l'esame con lui...infatti feci l'esame l'anno successivo con un'altro prof ((per alcuni esami c'erano corsi di recupero)...Non volevo essere giudicata da qualcuno che non sapeva neanche la sua materia!!!Quando feci gli ultimi esami capì quanti Prof ignoranti c'erano in giro (non era mica il solo!!!!) ...Quindi si ti capisco...non è il voto...Certo feci l'esame l'anno dopo, non sò se feci la "scelta giusta"...vedi tu!!!!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 30 marzo 2013 : 09:59:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Quando feci gli ultimi esami capì quanti Prof ignoranti c'erano in giro (non era mica il solo!!!!)


Poi quando cominci a essere dall'altro lato vedi quanti studenti ignoranti (livello scuole elementari) ci sono... e perdoni l'errore al prof.


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ipa
Nuovo Arrivato



67 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2013 : 04:42:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ipa Invia a ipa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
chick anche su questo hai ragione!!!!Da me gli studenti non sapevano neanche fare i calcoli con la calcolatrice....e poi si sono laureati con 110 e lode con una tesi fatta da me!Hanno vinto borse di dottorato e di studio....e io ad elemosinare un lavoro....Ah come và il mondo!!!!
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Dearg-Due
Utente


Prov.: Firenze


1104 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2013 : 07:54:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dearg-Due Invia a Dearg-Due un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Eh davvero... però il mondo va lo stesso anche senza apostrofo...

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2013 : 12:23:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Dearg-Due

Eh davvero... però il mondo va lo stesso anche senza apostrofo...




e soprattutto senza accento!
Ma d'altronde ormai sono rimasti pochi anche quelli che sanno la differenza tra apostrofo e accento e sanno scrivere un po' correttamente!
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Dearg-Due
Utente


Prov.: Firenze


1104 Messaggi

Inserito il - 31 marzo 2013 : 13:25:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dearg-Due Invia a Dearg-Due un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Boia che epic fail.
Volevo bacchettare e sono stato bacchettato !!!!

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Nereus
Nuovo Arrivato



20 Messaggi

Inserito il - 03 aprile 2013 : 18:16:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Nereus Invia a Nereus un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
tanto quando ti laureerai capirai quanto inutili siano i voti..
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silvioilbullo
Nuovo Arrivato



55 Messaggi

Inserito il - 06 aprile 2013 : 11:01:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di silvioilbullo Invia a silvioilbullo un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
beh nel curriculum i voti ci entrano.. e il curriculum è il biglietto da visita.. quindi prendere un 28 mi sta sulle balle..
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 06 aprile 2013 : 12:45:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
beh nel curriculum i voti ci entrano.. e il curriculum è il biglietto da visita.. quindi prendere un 28 mi sta sulle balle..


Sinceramente non ho mai messo un singolo voto sul mio CV (a parte il voto di laurea anche se dubito che qualcuno lo abbia veramente considerato). Tra 28 e 30 non cambia veramente nulla.

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ValeCGC
Utente



746 Messaggi

Inserito il - 06 aprile 2013 : 23:53:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ValeCGC Invia a ValeCGC un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
silvio per curiosità quante pagine di curriculum vuoi scrivere? i voti non vanno messi a meno che non ti chiedano un certificato con tutti gli esami svolti e la votazione, personalmente al massimo hanno chiesto l'elenco degli esami, ma non i voti
se fai un curriculum del genere non se lo leggerà nessuno.. tra l'altro dubito che guardino anche il voto di laurea.. i voti non contano niente e nella media finale un 28 o un 30 non fa molta differenza, anzi non ne fa praticamente per niente..
in ogni caso se non ti andava bene il 28 avresti fatto molto prima a non accettarlo e basta
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