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sunnym
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40 Messaggi
Inserito il - 06 luglio 2019 : 11:55:43  Mostra Profilo Invia a sunnym un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

Ciao a tutti, chiedo per chi è pratico di NGS. Ho fatto due piattaforme NGS nei giorni passati e se la prima alla fine non aveva nessun campione la seconda volta li aveva ma in concentrazioni molto basse. La mia tutor del laboratorio mi ha detto che ho perso i campioni per strada, ma come è stato possibile? Io ho seguito il protocollo alla lettera e con attenzione come posso perdermi i campioni durante i vari passaggi? C’è qualche “trucco” o qualche passaggio o cosa a cui prestare particolarmente attenzione? Grazie

kiki
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97 Messaggi
Inserito il - 12 luglio 2019 : 09:51:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kiki Invia a kiki un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao!che protocollo hai usato?
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sunnym
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40 Messaggi
Inserito il - 12 luglio 2019 : 17:11:01  Mostra Profilo Invia a sunnym un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

Ciao! In laboratorio utilizziamo il protocollo della Agilent (sureselect qxt target enrichment for illumina multiplexed sequencing)
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kiki
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97 Messaggi
Inserito il - 12 luglio 2019 : 18:49:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kiki Invia a kiki un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi vien da pensare che ci sia stato un problema in uno dei vari passaggi di purificazione con le biglie.. hai fatto i vari controlli richiesti durante il protocollo con Bioanalyzer o Tapestation?
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sunnym
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40 Messaggi
Inserito il - 12 luglio 2019 : 19:07:48  Mostra Profilo Invia a sunnym un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

Sì con bioanalyzer. Cosa potrei aver sbagliato durante la purifica con le biglie? Non capisco proprio che problema ci possa essere stato avendo seguito il protocollo alla lettera e tra l’altro essendo “controllata” entrambe le volte dalla tutor del laboratorio. I puntali mi parevano abbastanza puliti quindi non so se magari è rimasto del campione attaccato alle pareti e di conseguenza è stato buttato via accidentalmente... le sto pensando tutte. Non capisco... tra l’altro è un protocollo molto lungo ed è abbastanza deludente arrivare a fine giornata con una concentrazione misera se non nulla di campione. Sicuramente sono inesperta avendo fatto solo due piattaforme NGS ma vorrei capire l’errore in modo tale da prestarci più attenzione le prossime volte ed evitare si ripresenti il problema. Colgo l’occasione per ringraziarti per le risposte che mi stai dando :)
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kiki
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97 Messaggi
Inserito il - 01 agosto 2019 : 09:34:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kiki Invia a kiki un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao! scusa il ritardo nella risposta. In realtà è difficile dire esattamente lo step in cui potresti aver sbagliato proprio perchè è un protocollo molto lungo e non c'è la possibilità di check ad ogni step. Ad ogni modo fa attenzione a mescolare sempre bene e a rispettare i tempi segnalati, inoltre per quanto riguarda le biglie fa attenzione a far evaporare bene l'etanolo nei vari passaggi che lo prevedono. I residui di etanolo potrebbero interferire con i passaggi successivi.
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sunnym
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40 Messaggi
Inserito il - 02 agosto 2019 : 13:40:22  Mostra Profilo Invia a sunnym un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scritto da MolecularLab Mobile

Tranquilla, anzi grazie per tutti i consigli che mi stai dando! Okay prossima volta avrò una maggiore attenzione nel mescolar meglio e a far evaporare bene tutto l’etanolo... spero proprio che la prossima volta vada meglio :(
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