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zio
Utente Junior
Città: Napoli (IRAQ)
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 Inserito il - 18 giugno 2007 : 23:22:27
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Citazione:
la booster pcr è un altro metodo per aumentare le rese quanto il tuo template di partenza è molto diluito,sinceramente non ne so molto e non mi pare molto diffusa.
E' una reazione bifasica, dove nel primo step si lavora con degli eccessi di primer che poi vengono normalizzati nel secondo.
  ho trovato solo questa, qualcuno saprebbe dirmi qualcosa di più, devo usare questa metodica per la ricerca dei Norovirus
grazie
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zio |
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chick80
Moderatore
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zio
Utente Junior
Città: Napoli (IRAQ)
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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Inserito il - 19 giugno 2007 : 04:19:52
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Allora, la PCR booster serve per amplificare sequenze presenti in basso numero di copie, situazione in cui la PCR tradizionale ha problemi soprattutto a causa di dimeri di primers e amplificazioni aspecifiche.
Funziona così:
fai una PCR in 2 step: un primo passaggio con una alta concentrazione di primers (10 milioni di volte quella di template), per evitare che la formazione di dimeri impedisca l'amplificazione e poi, quando hai una quantità sufficiente di amplificato un secondo step con i primer a 0.1uM.
In questo modo eviti che i dimeri di primers vadano a ridurre l'amplificazione del template nel primo passaggio. Il secondo passaggio è praticamente una PCR normale.
Il problema della booster è però che, sebbene riesca ad aumentare la resa del prodotto, porta anche alla formazione di più prodotti aspecifici che però puoi eliminare con una nested PCR.
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zio
Utente Junior
Città: Napoli (IRAQ)
120 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2007 : 09:56:20
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  molto più chiaro si n'artist chick!! grazie
un'altra cosa: quale o quali possono essere le alternative alla rt pcr booster?
ps. qualcuno l'ha già fatta per i NOrovirus?? |
zio |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2007 : 12:50:25
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| Mah... non ho idea di quali siano le problematiche con i Norovirus... hai provato/hai la possibilità di provare con la realtime? |
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zio
Utente Junior
Città: Napoli (IRAQ)
120 Messaggi |
Inserito il - 19 giugno 2007 : 15:12:31
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in realtà quelli del ISS fanno una relatime sui norovirus ma non possono ancora darci il protocollo per questioni di "...dobbiamo prima pubblicare..."
nel frattempo ci dicono che possiamo allestire una booster con conseguente ibridazione, ma non abbiamo ancora il protocollo da seguire.Io personalmente stò alle prime armi e non ho mai fatto una ibridazione credo che mi dovrò attrezzare.
per la realtime abbiamo un ottimo strumento nuovo della Eppendorf che stiamo mettendo appunto per altre cose |
zio |
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booster rt pcr
Didattica e Relazioni
il fatto è che non ho capito tanto... tanto bene
