http://avery.rutgers.edu/WSSP/StudentScholars/project/archives/onions/rapd.html dall'esame che dovrò dare tra pochi giorni risulta utile anche per identificare microorganismi sconosciuti: si scelgono i primer basandosi su una analisi ARDRA (analisi di restrizione su DNA ribosomiale amplificato) del 16S rDNA. così il profilo delle bande RAPD dà informazioni sulla presenza di microorganismi diversi (visto il loro diverso pattern di restrizione), e sequenziando i frammenti si può arrivare a identificarli.
Rapd sono marcatori molecolari utilizzati per fingerprinting ed altre analisi molecolari.A differenza di altri marcatori come SSR ,ISSR presentano primers corti spesso decameri, casuali perchè il loro utilizzo non presuppone la conoscenza del target.La probabilità di appaiarsi è molto alta,ma la riproducibilità è scarsa ( per analisi di fingerprinting è meglio affidarsi a SSR), sono dominanti per cui non abbiamo informazioni circa il contributo allelico.Quest'ultimo aspetto fa si che la banda o c'è o non c'è (presenza/assenza)mentre in SSR la condizione omozigote è visulazzato da unica banda mentre la condizione eterozigote a quel locus è doppia banda e questa è una informazione notevole.