L’espressione “configurazione in cis” indica che due siti genici sono collocati sulla stessa molecola di DNA. Si dice che una sequenza di DNA (locus) opera in cis se è in grado di esplicare la propria funzione solo su loci posti sulla stessa molecola di DNA il che presuppone che la sequenza non sia codificante ma possieda una funzione di tipo regolativi. Analogamente si definisce una proteina “operante in cis” se esplica la propria funzione solo sull’elica di DNA che l’ha espressa