Oligonucleotide

Sequenze generalmente di DNA a singolo filamento di lunghezza limitata a qualche decina di nucleotidi e sintetizzate mediante apparecchiature computerizzate. Gli oligonucleotidi sono molto utilizzati come sonde sia in esperimenti di genetica molecolare che in diagnostica.

oligodeossinucleotidi (ODN)

Gli oligodesossiribonucleotidi (ODN) sono oligonucleotidi sviluppati per applicazioni cliniche in numerose malattie.
Gli oligonucleotidi antisenso, detti anche ASO (dall'inglese, AntiSense Oligonucleotides) sono brevi molecole a singolo filamento di DNA (e in alcuni casi di RNA) complementari ad una determinata sequenza. La sequenza a cui si legano è solitamente una molecola di mRNA che, legata da un ASO specifico, non è più in grado di essere tradotta. I meccanismi attraverso cui può avvenire il blocco della traduzione sono essenzialmente due:
- L'attivazione di RNAsi, come le RNAsi H o L, che degradano l'mRNA prima della sua traduzione sul ribosoma;
- Il blocco meccanico del ribosoma, attraverso la formazione di un doppio filamento sull'mRNA in via di traduzione

siRNA e RNA interference

Gli siRNA (dall'inglese short interfering RNA, RNA interferente breve) sono brevi molecole di RNA a doppio filamento in grado di avviare il meccanismo cellulare della RNA interference. Sono infatti in grado di reclutare il RISC (RNA interference silencing complex), attraverso il quale selezionano specifici mRNA da avviare alla degradazione.

Esistono altri tipi di ODN:

- Anti-gene: hanno come target specifici geni, presso i quali formano triple eliche in corrispondenza di tratti omopirimidinici, bloccandone la replicazione.
- DNA decoy e RNA decoy: si tratta di frammenti oligonucleotidici in grado di legare e bloccare, rispettivamente, fattori di trascrizione e di traduzione.
- Ribozimi: hanno come bersaglio l’RNA. Sono sequenze di RNA in grado di ripiegarsi ed avere attività catalitica, come quella di degradare un mRNA complementare.
- Aptameri: sono ODN aventi come bersaglio proteine, che legano e inattivano con elevata selettività.

Nucleotide

Unità di base degli acidi nucleici (DNA e RNA) costituita da una base purinica (adenina e guanina) o pirimidinica (citosina timina o uracile nell'RNA) un pentosio (desossiribosio nel DNA ribosio nell'RNA) ed un gruppo fosfato.

Nucleosoma

Unità strutturale della cromatina eucariotica. Consiste di un nucleo centrale di otto molecole di istoni attorno al quale si avvolge un segmento di DNA (di circa 148 coppie di basi). I nucleosomi sono le unita' ripetitive che compongono il filamento cromatinico.

Nucleoside

Base purinica (adenina guanina) o pirimidinica (citosina timina o uracile nell'RNA) legata covalentemente ad una molecola di pentosio (desossiribosio nel DNA ribosio nell'RNA).