Proteomica chimica

La proteomica chimica è una combinazione di esperimenti biochimici di cromatografia di affinità con proteomica quantitativa, basata sulla spettrometria di massa (MS).
Nella sua essenza, l'esperimento di cromatografia di affinità viene condotto usando il farmaco di interesse immobilizzato su una resina cromatografica, che viene incubato con un estratto proteico ottenuto da una specifica linea cellulare –per esempio rappresentativa di un determinato tumore.
Durante l'incubazione si presume che tutte le proteine dell'estratto vengano in contatto con il farmaco e solo i potenziali bersagli restino legati sulla base della loro affinità per il composto stesso.
Dopo l'incubazione e i lavaggi, gli interattori sono eluiti e identificati mediante analisi di spettrometria di massa I vantaggi di questo tipo di esperimenti rispetto agli screening tradizionali dell'attività di un farmaco sono la possibilità di testare l'intero proteoma in un esperimento singolo; la possibilità di condurre l'esperimento di interazione/affinità in condizioni molto fisiologiche, in quanto tutte le proteine della cellula sono presenti nella concentrazione nativa (quindi anche competendo fra loro), e preservano sia le modifiche post-traduzionali sia le interazioni funzionali con proteine e cofattori che possono modificarne l'attività specifica anche in maniera significativa.
L'analisi totalmente globale (unbiased), che non richiede la conoscenza a priori dei bersagli, potenzialmente può portare alla scoperta di qualsiasi nuovo target, imprevisto o imprevedibile.
Per questi motivi una piattaforma di proteomica chimica è lo strumento ideale per una lettura più fedele alla effettiva risposta molecolare della cellula ad un farmaco.