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greBIO
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 06 novembre 2012 : 13:07:25
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In laboratorio stiamo facendo analisi per determinare la comunità microbica eucariotica in sedimenti di determinate aree di studio, tramite T-RFLP (usando quindi primers forward marcati con fluorocromi FAM o NED).
Procedendo con la PCR all'amplificazione del gene per il 18S
(con primers:
18S F6 Euk (marcato con FAM e con NED),
18S R1513 Hypo,
condizioni di PCR:
50x40, 2 minuti e mezzo di allungamento)
abbiamo come risultato degli smear che partono da cima e arrivono fino in fondo nei...BIANCHI!
Ovviamente abbiamo provato a cambiare:
acqua, dNTP, exTaq, exTaqBuffer, puntali e plasticheria varia, ri-aliquotato i primers...insomma le abbiamo provate un po' tutte!
Se magari a qualcuno fosse successa la stessa cosa, oppure ha consigli da darci, qualsiasi suggerimento è benvenuto!!!
SIAMO DISPERATE!
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greBIO
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
Inserito il - 06 novembre 2012 : 13:12:55
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| Ah, mi son dimenticata di dire che per quanto riguarda i campioni non sempre la banda viene e viene bene, spesso gli smear vengono anche lì... ma è capitato anche che negli amplificati dei campioni le bande vengano NORMALMENTE ma resta cmq lo smear nel bianco! |
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