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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
 Inserito il - 11 febbraio 2010 : 23:59:30
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ciao ragazzi ho bisogno di aiuto..riguarda la timidilato sintasi di Brucella.
qualche anima pia mia spiega questa pagina? http://www.uniprot.org/uniprot/P67042
grazie mille!
ciaoo
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2010 : 09:51:13
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beh, se la tua proteina sta su UniprotKB significa che almeno è stata sequenziata la sequenza amminoacidica, quindi il file FASTA dovrebbe riflettere il peptide vero e non la predizione dal trascritto; inoltre è stata depositata la struttura 3D della proteina (ad una buona risoluzione oltretutto); questa proteina mi sembra ben annotata... ma cosa ti serve sapere in particolare di essa?
C'è un mucchio di info su Uniprot  |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2010 : 10:29:22
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Ho cambiato il titolo della discussione, per favore la prossima volta evita di utilizzare titoli come 'Help' o simili.
Come dice kORdA, su uniprot vi sono un sacco di informazioni sulla tua proteina, dalla sequenza, alla descrizione della sua funzione, alle modificazioni post-traduzionali e la presenza di eliche di membrana o motivi. Cosa ti serve sapere esattamente? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2010 : 17:41:53
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scusami dallolio inanzitutto..
mi servirebbe inanzitutto sapere il significato della sezione "sequence annotation (features)", quindi cosa indicano quei disegni: in altre proteine in quella sezione descrive le alfa eliche e i foglietti beta, e in questa non vedo ciò quindi mi serviva sapere almeno il motivo e se c'è un'altra schermata per questo tipo d'informazione. Poi in maniera generale mi servirebbe capire come si interpreta il plot di ramachandran e il grafico del profilo di idrofobicità (se posso chiederlo ovviamente).
vi ringrazio della pazienza e scusate ancora, ma devo fare una relazione del corso, ma non è ke si sia capito piu' di tanto!!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2010 : 18:28:28
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Citazione:
Messaggio inserito da james85
scusami dallolio inanzitutto..
mi servirebbe inanzitutto sapere il significato della sezione "sequence annotation (features)",
Generalmente in questa sezione sono annotate features come eliche di membrana, residui fosforilati, snps correlati a malattie congenite, e in generale tutte le regioni di interesse all'interno della sequenza della proteina (peró non ho mai visto niente sulla struttura secondaria).
Nel tuo caso vi é una sola annotazione, che ti dice che vi è un sito attivo in posizione 146 (della sequenza proteica, non nucleotidica).
Un piccolo segreto: se guardi all'inizio della pagina della proteina, in piccolo, vi é un pulsante con 'Third party data' (http://services.uniprot.org/uniprot-dasty/client/uniprot.php?q=P67042&label=BioSapiens&t=3) puoi accedere a diverse predizioni su ulteriori features della tua proteina, anche se mi sembra che nel tuo caso non ci sia molto.
Citazione:
quindi cosa indicano quei disegni: in altre proteine in quella sezione descrive le alfa eliche e i foglietti beta, e in questa non vedo ciò quindi mi serviva sapere almeno il motivo e se c'è un'altra schermata per questo tipo d'informazione.
Onestamente non ho mai visto informazioni sulla struttura secondaria in quella sezione... e ho lavorato parecchio con uniprot.
non ti so dire dove trovare informazioni sulla struttura secondaria della proteina, peró puoi provare a predirla. Per esempio, con questo programma:
- http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/
Citazione:
Poi in maniera generale mi servirebbe capire come si interpreta il plot di ramachandran e il grafico del profilo di idrofobicità (se posso chiederlo ovviamente).
vi ringrazio della pazienza e scusate ancora, ma devo fare una relazione del corso, ma non è ke si sia capito piu' di tanto!!
aspetta credo che questa domanda sia giá stata chiesta.. prova a dare una occhiata qui:
- http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=10721 |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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james85
Nuovo Arrivato
Città: Ancona
32 Messaggi |
Inserito il - 12 febbraio 2010 : 20:06:08
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grazie mille!
comunque nel summary dopo aver inserito il codice, mi da alcune informazioni sulle percentuali di alfa-eliche e foglietti beta, sono sufficienti?
approfitto per fare un'altra domanda: devo fare i multiallineamenti con clustalw e con blast ho determinato la similarità sia amminoacidica che nucleotidica. Ho selezionato 4 specie diverse, che però sono caratterizzate da' una sequenza FASTA con l'intero genoma quindi lunghissima. Dovrei tagliare la sequenza, quali criteri uso?
ringrazio di nuovo
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