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patty82
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
 Inserito il - 19 maggio 2010 : 15:38:35
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Buongiorno ragazzi sto scoprendo or ora il fantastico mondo dei microRNA. Dato che lavoro in laboratorio di endocrinologia e facciamo ricerca in particolare sul tumore alla mammella, volevo sapere con quale tecnica è possibile misurare il livello di un determinato microRNA che si pensa sia implicato in questa patologia. Considerate che siamo un laboratorio di endocrinologia e da pochissimo stiamo cominciando a fare delle analisi di biologia molecolare, quindi siamo poco attrezzati in questo campo....ma magari possiamo organizzarci!!!
Attendo dei vostri consigli!!!
Grazie mille
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 16:33:59
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Prova a guardare un po' di letteratura in merito, troverai che gli
approcci metologici principali sono essenzialmente due:
> Analisi di espressione: utilizzando la tecnica più
opportuna (array, chip, vari assay di qRTPCR) puoi
ottenere un profiling della rappresentazione dei
vari miRNA a livello molecolare, con la possibiltà
di valutarne l'upregolazione o downregolazione in
campioni clinici rispetto a controlli sani.
> Analisi per attività: considerata più stringente,
richiede però un maggiore expertise. Teoricamente
consentirebbe di valutare la rappresentazione di ciascun
singolo miRNA in base alla sua attività di soppressione
su un gene reporter, che viene ingegnerizzato in modo tale
da risultare responsivo a quello specifico microRNA
(in pratica si inserisce la sequenza target miRT in una
regione a valle del codone di stop e a monte del polyA
e se tutto va bene, il microRNA dovrebbe legarvisi)
In entrambi i casi le competenze richieste
in biologia molecolare sono alte.
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Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
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patty82
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 16:41:41
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Si in effetti ho letto qualcosa in letteratura e ho visto che è molto usata la tecnica di real-time PCR. Ma usando questa metodica di cosa ho bisogno? Ti ripeto che non essendo un lab di biologia molecolare non abbiamo molti macchinari....per esempio dipsoniamo di cose base tipo termociclatore per RT-PCR, cella elettroforetica e cose così semplici.....per mettere in piedi un saggio di real time cose mi serve?
Grazie per le prime delucidazioni |
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 19 maggio 2010 : 17:16:00
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Beh per fare real-time ti serve ....un apparecchio per real-time :P
non basta un semplice termociclatore, perchè gli assay per i miRNA
richiedono sonde fluorescenti e quindi apparecchi per la quantificazione
del segnale fluorescente che si accoppia all'amplificazione. Non credo
sia umanamente possibile fare RT-PCR semiquantitativa su roba di 22 nt.
Puoi trovare molte informazioni sul forum, per questo tipo di tecnica,
utilizzando la funzione cerca. Normalmente la si utilizza per mRNA. |
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patty82
Nuovo Arrivato
31 Messaggi |
Inserito il - 21 maggio 2010 : 12:23:14
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Senti ma un apparecchio per real-time è parecchio costoso? Cioè quello che voglio sapere è se mettere in piedi un progetto per analizzare i microRNA da zero risulta essere molto dispendioso....
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Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 21 maggio 2010 : 12:30:59
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Io direi proprio di sì. Difficile e costoso, se intrapreso con serietà.
Però va di moda per cui ci si pubblica bene. (dicono-.-) |
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giamma81
Nuovo Arrivato
17 Messaggi |
Inserito il - 26 maggio 2010 : 08:25:22
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SAlve. qualcuno mi sa dire il ruolo dei microRNA nel tessuto cirrotico e dove posso trovare qualche mappa genomica su di esso? grazie
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 26 maggio 2010 : 09:54:59
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Citazione:
Messaggio inserito da giamma81
SAlve. qualcuno mi sa dire il ruolo dei microRNA nel tessuto cirrotico e dove posso trovare qualche mappa genomica su di esso? grazie
Non ho ben capito cosa intendi con l'espressione "qualche mappa genomica su di esso", in ogni caso ti posso dare qualche link su banche dati che trattano l'espressione dei miRNA.
http://www.microrna.org
http://www.mirz.unibas.ch/cloningprofiles/
Su queste due banche dati trovi i livelli di espressione dei miRNA tratti dal lavoro storico di Landgraf [ Landgraf P et al. - A mammalian
microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing. - Cell. 2007 Jun 29;129(7):1401-14. PMID: 17604727 ]
http://diana.cslab.ece.ntua.gr/
Il sito di DIANA LAB raccoglie dati di evidenze sperimentali sui miRs
http://www.cleanex.isb-sib.ch/
Altro DB molto utile |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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