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saras
Nuovo Arrivato
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27 Messaggi |
 Inserito il - 02 agosto 2010 : 11:18:08
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Ciao a tutti
ho una domanda (scusate se banale!)....
sto studiando un determinata sequenza del gene HLAG, ma blastando i primers (ho usato UCSC genome) mi vengono fuori diversi riferimenti (ma praticamente sequenze identiche):
>chr6_ssto_hap7:1132228+1132678; >chr6_qbl_hap6:1095261+1095711; >chr6_mcf_hap5:1094955+1095405;>chr6_mann_hap4:1095006+1095455; >chr6_dbb_hap3:1095297+1095747 ;....alcuni trovati solo su HLAG e altri anche su HLAF.
Ma come č possibile che la stessa sequenza abbia cosi' tanti nomi? e cosa stanno a significare? quale devo prendere come riferimento?
ok ..scusate le domande erano piu' di una
Grazie mille a chi risponde
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dallolio_gm
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2445 Messaggi |
Inserito il - 02 agosto 2010 : 16:48:03
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Non ti preoccupare, non c'č niente di strano: tutti i geni coinvolti nel complesso di istocompatibilitį maggiore tendono ad avere piu' di una isoforma di splicing conosciuta, si tratta di un meccanismo che ha a che fare con la diversificazione della risposta immunitaria e la resistenza innata.
Le diverse sigle identificano diverse isoforme di splicing di HLA-G. Su ensembl puoi avere una panoramica di tutte le isoforme conosciute:
- http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000204632
dipende da te e dal tuo progetto sapere quale isoforma ti interessa studiare... se vuoi amplificare tutto il gene, forse la cosa piu' sicura č prendere la isoforma piu' lunga, per non rischiare di perdere informazioni.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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saras
Nuovo Arrivato
Cittą: como
27 Messaggi |
Inserito il - 03 agosto 2010 : 12:50:34
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Grazie mille per l'info!
Scusami ma ti chiedo ancora un chiarimento....le diverse isoforme comunque fanno riferimento allo stesso gene, giusto?!, io cerco la sequenza genomica..quindi mi 'spiazza' un po' vedere tutte quelle sigle diverse!
oppure sono le sigle dei vari gruppi che hanno trovato le varie isoforme e che quindi nel database vengono classificate cosi'?
scusami se č un po' contorta la domanda!
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 04 agosto 2010 : 12:50:45
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A dire la veritą, non ne ho idea... deve essere qualcosa di specifico di questo gene, non ti so dire se i diversi nomi corrispondano agli autori che hanno scoperto le isoforme.
Non riesco nemmeno a trovare molto su Internet... prova a guardare qui:
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim?term=hlag
- http://www.uniprot.org/uniprot/P17693 |
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