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biologina
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
 Inserito il - 14 giugno 2011 : 19:08:52
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..mi sono state poste queste domande che vorrei condividere col forum :
1-perchè se amplifico una sequanza da 1200 bp al sequanziatore ottengo una sequanza di circa 400 bp??
Ho letto da qualche parte che il sequanziatore automatico riesce a sequenziare fino a circa 500 bp ma perchè accade questo??
2-Perchè utilizzo come marcatore DNA mitocondriale e non uno nucleare??
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
 Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:20:33
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A prescindere dal fatto che secondo me una lettura di sequenziamento la si può ritenere attendibile fino a circa 900-1000pb, devi considerare che durante un sequenziamento la reazione deve subire una sorta di assestamento, all'inizio c'è molto rumore di fondo e il dato risulta inattendibile, poi la reazione di sequenziamento si stabilizza e si procede con una buona lettura, infine tende nuovamente a dare una lettura inattendibile perchè magari si abbassa la conc. dei nucleotidi o vattela a pesca perchè.
Pertanto la prima e l'ultima parte di una sequenza (al max lunga sui 1000pb) non sono molto attendibili, mentre la regione centrale è quella sequenziata nella maniera ottimale. Non a caso quando si manda una sequenza a sequenziare, è bene dare una lettura da entrambe le estremità e poi incrociare le letture.
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"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 21:29:04
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Cito:
"...Un buon marcatore molecolare deve essere polimorfico, codominante, facilmente individuabile, ripetibile e
possedere un meccanismo di trasmissione semplice (mendeliano o uniparentale)"
L'mtDNA è particolarmente utile nello studio della filogenesi: in primo luogo, è ereditato dalla madre e quindi non subisce ricombinazione, in secondo luogo, il tasso di evoluzione del DNA mitocondriale è molto più alto di quello di geni nucleari. In particolare,nel genoma mitocondriale si trova la regione di controllo (D-loop), che è quella maggiormente indagata negli studi evoluzionistici. Il D-loop è una regione non codificante con un alto tasso di mutazione ovvero presenta un alta variabilità inter e intra-specifica. |
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Salvador.Dalì
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SpemannOrganizer
Utente
Città: Los Angeles
955 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 22:38:53
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Citazione:
Messaggio inserito da zerhos
A prescindere dal fatto che secondo me una lettura di sequenziamento la si può ritenere attendibile fino a circa 900-1000pb, devi considerare che durante un sequenziamento la reazione deve subire una sorta di assestamento, all'inizio c'è molto rumore di fondo e il dato risulta inattendibile, poi la reazione di sequenziamento si stabilizza e si procede con una buona lettura, infine tende nuovamente a dare una lettura inattendibile perchè magari si abbassa la conc. dei nucleotidi o vattela a pesca perchè.
Pertanto la prima e l'ultima parte di una sequenza (al max lunga sui 1000pb) non sono molto attendibili, mentre la regione centrale è quella sequenziata nella maniera ottimale. Non a caso quando si manda una sequenza a sequenziare, è bene dare una lettura da entrambe le estremità e poi incrociare le letture.
Giusto, aggiungerei che la lunghezza della sequenza ottenuta dipende anche dalla processività della Taq, ossia dal numero di nucleotidi aggiunto prima che questa si dissoci dal template |
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biologina
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 22:40:54
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| mmmmm dopo averci passato tutta la giornata di ieri sono arrivata alle medesime conclusioni anche perchè dal sequenziamento ottengo "frammenti" dato l'inderimento del ddntp |
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