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 Stringente-selettiva (matrici PAM e BLOSUM)
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lisiae
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino
Città: Mugnano del Cardinale


8 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2008 : 18:26:06  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di lisiae  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di lisiae Invia a lisiae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve!Vorrei che qualcuno fosse così gentile da chiarirmi un dubbio che ho in merito agli aggettivi stringente e selettiva riferiti alle matrici PAM o BLOSUM... una matrice PAM70(per es.) è più stringente o meno stringente di una PAM30?E più selettiva o meno selettiva?Grazie mille in anticipo!Che confusione!

lisiae
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino
Città: Mugnano del Cardinale


8 Messaggi

Inserito il - 16 febbraio 2008 : 13:25:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di lisiae  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di lisiae Invia a lisiae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Raga,nessuno di voi può aiutarmi?!Vi prego,se sapete,ditemi!Attendo...
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Città: Monza


1297 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 10:49:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Basta andare a cercare topic sull'argomento in cui si è gia' postato a riguardo:

http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?whichpage=1&TOPIC_ID=2295

http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?whichpage=1&TOPIC_ID=538

ad esempio

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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lisiae
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino
Città: Mugnano del Cardinale


8 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 13:08:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di lisiae  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di lisiae Invia a lisiae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Purtroppo nessuno nomica qst aggettivi,così non riesco a capire se sono o no sinonimi!Da ciò che ho letto,deduco che una PAM70(x es.)è meno selettiva di una PAM30;mentre una BLOSUM 65(x es.) è più selettiva di una BLOSUM con un indice più basso!Vorrei che qualcuno me lo confermasse e magari mi spiegasse se stringenza e selettività descrivono la stessa caratteristica!Grazie mille davvero,avrei bisogno che qualcuno mi rispondesse presto,perchè a breve ho l'esame!
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paolo865
Utente Junior


Prov.: Como
Città: Olgiate Comasco


262 Messaggi

Inserito il - 17 febbraio 2008 : 20:26:44  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di paolo865 Invia a paolo865 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora, una matrice PAM si basa sulla percentuale di mutazione accettata. PAM di basso indice (es PAM 30) predilige l'identità e quindi è più stringente, ma se vogliamo diminuire la stringenza possiamo scegliere una PAM di matrice più elevata es PAM 70, che predilige invece l'omologia. è chiaro che aumentanto la stringenza aumenta la selettività e viceversa. COn la matrici Blosum è lo stesso discorso solo che quelle di indice più basso es. BLOSUM 20 predilige l'omologia (meno stringente e meno selettiva), mentre BLOSUM 65 predilige l'identità (più stringente e più selettiva). Per la stringenza è anche importante impostare i giusti parametri di GAP PENALITY (inserimento ed estensione). spero di essere stato chiaro
CIAO
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lisiae
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino
Città: Mugnano del Cardinale


8 Messaggi

Inserito il - 18 febbraio 2008 : 10:17:01  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di lisiae  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di lisiae Invia a lisiae un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Chiarissimo!!Grazie mille!!
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