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nataliven
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
 Inserito il - 14 febbraio 2011 : 15:36:03
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Ciao a tutti!!! Sono nuova di questo forum ma vi seguo da tanti anni. Fortunatamente, fino ad ora, non ho avuto bisogno del vostro aiuto... Sto preparando l'esame di bioinformatica e devo disegnare i primer di >embl|L12226|L12226 Ustilago maydis virus P4 KP4 toxin gene, complete cds e di >gi|437722|gb|L12226.1|TOVKP4TOXN Ustilago maydis virus P4 KP4 toxin gene, complete cds. Con genefisher me ne escono fuori 703. La logica mi dice che i primi sono i migliori ma qualcuno mi sa spiegare quali devo scegliere e perchè???
Ringrazio chiunque provi ad aiutarmi.
PS: Questo è il link dell'allineamento http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/cgi-bin/genefisher2_toPrimerCalculation
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nataliven
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2011 : 08:19:31
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| Non c'è nessuno in grado di aiutarmi anche poco poco??? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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nataliven
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2011 : 12:53:58
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No chick80. Ho utilizzato genefisher solo perchè mi è rimasto più semplice ma potrei utilizzare anche PRIMER BLAST senza problemi.
Pensi che sia più semplice? |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2011 : 13:52:56
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| Il fatto è che GeneFisher è fatto per creare dei primer degenerati, quindi probabilmente non è quello che vuoi tu... |
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nataliven
Nuovo Arrivato
5 Messaggi |
Inserito il - 17 febbraio 2011 : 09:39:31
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Scusa Chick80, mi potresti spiegare? Devo consegnare la relazione domani e mi mancano solo i primers... forse se riesco a capire riesco anche a disegnarli e a confrontarli...
Grazie. |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 18 febbraio 2011 : 23:02:51
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chick80 mi sembra che sia stato più che esauriente!
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
C'è un motivo particolare per il quale usi GeneFisher invece di Primer Blast?
Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Il fatto è che GeneFisher è fatto per creare dei primer degenerati, quindi probabilmente non è quello che vuoi tu...
In più te lo dice anche la home-page del programma:
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/
Citazione:
GeneFisher2 - Interactive PCR Primer Design
Based on the assumption that genes with related function from different organisms show high sequence similarity, degenerate primers can be designed from sequences of homologues genes. GeneFisher is an interactive web-based program for designing degenerate primers. The procedure leads to isolation of genes in a target organism using multiple alignments of related genes from different organisms. The term "gene fishing" refers to the technique where PCR is used to isolate a postulated but unknown target sequence from a pool of DNA.
Magari utilizza uno strumento più adeguato, come per l'appunto Primer Blast!
Tra l'altro nessuno ti potrà mai dire niente riguardo al tuo allineamento visto che il link che hai postato è un link generico, non quello che contiene il TUO allineamento.
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