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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
 Inserito il - 09 gennaio 2007 : 14:26:54
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ciao,
sono alle prese con ADIT validation server per valutare un pdb che ho ottenuto mediante homology modeling.
Prima di tutto: mi sembra uno strumento di validazione per strutture risolte sperimentalmente, si può usare anche per strutture ottenute per predizione? in tal caso quale metodo di risoluzione ha più senso usare, quello del modello?
2. sono al precheck, ecco l'errore che mi da:
ERROR: Polymer atom records are missing the chain ID field before line 3420. Please add the chain ID to column 22 of the PDB file and start again.
Qual è la soluzione più semplice?
grazie
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Fil23
Utente Junior
Prov.: estero
Città: London
238 Messaggi |
Inserito il - 10 gennaio 2007 : 14:41:37
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Ciao
nn conosco il programma i validazione che stai usando, io solitamente uso PRECHECK.
Hai provato a vedere il punto che ti indica la frase di errore? Apri il file pdb con un editor di testo e controlla cosa manca nella colonna 22 intorno alla linea 3420. Secondo quello che ti dice lui sembra mancare l'indicativo della catena...la tua proteina è un dimero o un polimero?
ciao ciao |
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2007 : 16:41:00
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ciao Fil23,
ecco come appariva appena arrivatami dal server:
ATOM 3560 O LEU 559 0.697 9.478 110.630 1.00123.84 1SG3561
ATOM 3561 OXT LEU 559 1.185 11.565 110.035 1.00123.84 1SG3562
END
ed ecco come l'ho modificata (solo in questa regione) per farla leggere ad ADIT validation server:
ATOM 3559 C LEU 559 0.446 10.712 110.595 1.00123.84 1SG3560
ATOM 3560 OD1 LEU 559 0.697 9.478 110.630 1.00123.84 1SG3561
TER 3561 LEU 559 1SG3562
ENDMDL 1SG3563
END 1SG3564
Ha perso la formattazione! mannaggia, ma tu capirai lo stesso..
In ogni caso non sono certo affezionato ad ADIT, proverò con PRECHECK.
Se comunque vedi qualcosa che ti insospettisce fammi sapere!
grazie |
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Zanna
Nuovo Arrivato
Prov.: Lecco
33 Messaggi |
Inserito il - 05 marzo 2007 : 10:49:55
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cial fil,
ho risolto. Come spesso accade bisognava fare molta attenzione all'errore che dava. Con before line 3420 intende dire per tutte le righe prima della 3420. Con uno scriptino ho inserito un chain ID (A per tutti dato che è un monomero) alla colonna 22, poi va inserito 'TER' prima dell'END e adesso riconosce correttamente il formato.
Grazie comunque!
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lele - unimi |
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Validazione pdb per homolgy modeling
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