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masavini
Nuovo Arrivato
3 Messaggi |
 Inserito il - 29 giugno 2007 : 10:44:59
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ciao a tutti!
sto facendo un banalissimo modeling seguendo una banalissima procedura 3d-Jury + clustalW + modeler su una per nulla banale proteina di membrana...
come posso valutare grossolanamente i modelli generati? per la valutazione fine uso Procheck, e non c'è problema, ma per dare una prima sgrossata ed eliminare tutti i modelli insensati mi affidavo al buon vecchio Prosa... forse non tutti sanno che prosa è affidabile solo per proteine solubili, mentre il force field utilizzato non è attendibile nel caso di proteine di membrana: ho provato io stesso a calcolare lo zscore di una STRUTTURA raggi x, e il punteggio ottenuto è stato attorno a -4.50... uno schifo, indice del fatto che la valutazione era un po' sballata...
qualcuno conosce il modo di effettuare una prima selezione dei modelli di proteine di membrana?
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 29 giugno 2007 : 11:27:51
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Ciao,
il gruppo che organizza la specialistica di bioinformatica a Bologna, quello della prof.Casadio, é famoso per la ricerca sulla predizione di struttura delle proteine di membrana (hanno vinto un CASP qualche anno fa).
Puoi provare a guardare sul loro sito:
- http://gpcr.biocomp.unibo.it/
- http://biocomp.unibo.it/
e vedere se c'è qualcosa che ti può essere utile.. al massimo, puoi chiedergli aiuto via mail.
Io purtroppo sono un esule fuggito all'estero e di predizione di strutture di proteine so molto poco.  |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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valutazione modelli di proteine di membrana...
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